Archaea (classification phylogénétique)

Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Archaea (Archaebacteria, Archébactéries, Archées), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa), telles que les dernières analyses reconnues les proposent. Ce n'est qu'une possibilité, et les principaux débats qui subsistent au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés ci-dessous, avant la bibliographie.

## Arbre phylogénétique

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Le cladogramme présenté ici ne possède qu'une valeur indicative. Il n'est pas forcément consensuel, et on peut toujours se référer à la bibliographie au bas de l'article.

Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré.

Les habitudes typographiques des botanistes et des zoologistes sont différentes. Ici, par commodité de lecture, et certains groupes actuels relevant des deux domaines traditionnels, les noms de taxons supérieurs au genre sont tous écrits en caractères droits, les noms de genres ou d'espèces en italiques.

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien ; (Edi) : Édiacarien. Pour plus de précision si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.

└─o Archaebacteria ou Archaea
├─o Thaumarchaeota
│ ├─o Cenarchaeales
│ ├─o Nitrosopumilales
│ └─? Nitrosocaldales
└─o
├─o
│ ├─o Korarchaeota
│ └─o Crenarchaeota ou Eocyta
│   ├─o Thermoproteales
│   │ ├─o Thermoproteaceae
│   │ └─o Thermofilaceae
│   └─o
│     ├─o Sulfolobales
│     └─o
│       ├─? Fervidicoccales
│       ├─o Acidilobales
│       │ ├─o Caldisphaeraceae
│       │ └─o Acidilobaceae
│       └─o Desulfurococcales ou Igneococcales
│         ├─o Desulfurococcaceae
│         └─o Pyrodictiaceae
└─o Euryarchaeota
├─? groupes "ARMAN"
├─o Nanoarchaeota
├─? Nanohaloarchaea
└─o
├─o Thermococcales
└─o
├─o
│ ├─o Methanopyrales
│ └─o
│   ├─o Methanobacteriales
│   │ ├─o Methanobacteriaceae
│   │ └─o Methanothermaceae
│   └─o Methanococcales
│     ├─o Methanococcaceae
│     └─o Methanocaldococcaceae
└─o
├─o Thermoplasmatales ou Picrophilales
│ ├─o Thermoplasmataceae
│ └─o
│   ├─o Picrophilaceae
│   └─o Ferroplasmataceae
└─o
├─o Archaeoglobales
└─o
├─o Halobacteriales
└─o Methanomicrobia
├─o Methanosarcinales
│ ├─o Methanosarcinaceae
│ ├─o Methanosaetaceae
│ └─o Methermicoccaceae
├─o Methanocellales
└─o Methanomicrobiales
├─o Methanospirillaceae
├─o Methanocorpusculaceae
└─o Methanomicrobiaceae

## Débat scientifique relatif à la phylogénie des Archaea

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Si, aujourd'hui, malgré la grande distance séparant les deux principales divisions archéennes, la monophylie du groupe semble acquise (contre l'enracinement des Eucaryotes au sein des Éocytes), la question controversée est celle de l'origine des bactéries méthanogènes : caractère apparu une seule fois tardivement (cf. Gao et Gupta), ou bien une seule fois à la base des Euryarchées (et perdu dans certains groupes ensuite), ou bien à plusieurs reprises. La découverte de nouvelles Archées qui ont vraisemblablement divergé à la base de l'arbre, ou des « nanoorganismes acidophiles archéens de la mine de Richmond » (dits ARMAN), permet de mieux entrevoir la diversité du groupe, en attendant une vue satisfaisante sur sa phylogénie.

### Classification selon Cavalier-Smith

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Classification selon Cavalier-Smith 2002

─o division des Archaebacteria
├─o sous-division des Euryarchaeota
│ ├─o super-classe des Neobacteria
│ │ ├─o classe des Methanothermea (probablement paraphylétique)
│ │ │ ├─o ordre des Methanobacteriales
│ │ │ └─o
│ │ │   ├─o ordre des Methanomicrobiales
│ │ │   ├─o ordre des Methanococcales
│ │ │   └─o ordre des Methanopyrales
│ │ ├─o classe des Archaeoglobea
│ │ │ └─o ordre des Archaeoglobales
│ │ └─o classe des Halomebacteria
│ │   ├─o ordre des Methanosarcinales
│ │   └─o ordre des Halobacteriales
│ └─o super-classe des Eurythermea (probablement paraphylétique)
│   ├─o classe des Protoarchaea
│   └─o classe des Picrophilea
└─o sous-division des Crenarchaeota
└─o classe des Crenarchaeota
├─o
│ ├─o ordre des Thermoproteales
│ ├─o ordre des Sulfolobales
│ └─o ordre des Desulfurococcales
├─o ordre des Cenarchaeales
└─? Korarchaeota

### Classification selon le Bergey's

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Classification selon le Bergey's 2004

─o domaine des Archaea
├─o embranchement des Crenarchaeota
│ └─o classe des Thermoprotei
│   ├─o ordre des Thermoproteales
│   │ ├─o famille des Thermoproteaceae
│   │ └─o famille des Thermofilaceae
│   ├─o ordre des Caldisphaerales
│   │ └─o famille des Caldisphaeraceae
│   ├─o ordre des Desulfurococcales
│   │ ├─o famille des Desulfurococcaceae
│   │ └─o famille des Pyrodictiaceae
│   └─o ordre des Sulfolobales
│     └─o famille des Sulfolobaceae
└─o embranchement des Euryarchaeota
├─o classe des Methanobacteria
│ └─o ordre des Methanobacteriales
│   ├─o famille des Methanobacteriaceae
│   └─o famille des Methanothermaceae
├─o classe des Methanococci
│ └─o ordre des Methanococcales
│   ├─o famille des Methanococcaceae
│   └─o famille des Methanocaldococcaceae
├─o classe des Methanomicrobia
│ ├─o ordre des Methanomicrobiales
│ │ ├─o famille des Methanomicrobiaceae
│ │ ├─o famille des Methanocorpusculaceae
│ │ └─o famille des Methanospirillaceae
│ └─o ordre des Methanosarcinales
│   ├─o famille des Methanosarcinaceae
│   └─o famille des Methanosaetaceae
├─o classe des Halobacteria
│ └─o ordre des Halobacteriales
│   └─o famille des Halobacteriaceae
├─o classe des Thermoplasmata
│ └─o ordre des Thermoplasmatales
│   ├─o famille des Thermoplasmataceae
│   ├─o famille des Picrophilaceae
│   └─o famille des Ferroplasmataceae
├─o classe des Thermococci
│ └─o ordre des Thermococcales
│   └─o famille des Thermococcaceae
├─o classe des Archaeoglobi
│ └─o ordre des Archaeoglobales
│   └─o famille des Archaeoglobaceae
└─o classe des Methanopyri
└─o ordre des Methanopyrales
└─o famille des Methanopyraceae

### Classification selon Gao et Gupta

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Cet arbre a été établi en fonction de la présence de certaines protéines spécifiques dans les différents groupes.

Classification selon Gao et Gupta 2007

└─o Archaea
├─o Crenarchaeota
│ ├─o Thermoproteales
│ └─o
│   ├─o Sulfolobales
│   └─o Desulfurococcales
└─o Euryarchaeota
├─? Nanoarchaeota
└─o
├─o Thermoplasmatales
│ ├─o Thermoplasmataceae
│ └─o
│   ├─o Picrophilaceae
│   └─o Ferroplasmataceae
└─o
├─o Halobacteriales
├─o Thermococcales
└─o
├─o Archaeoglobales
└─o
├─o Methanosarcinales
│ ├─o Methanosarcinaceae
│ └─o Methanosaetaceae
└─o
├─o Methanomicrobiales
└─o
├─o Methanococcales
└─o
├─o Methanopyrales
└─o Methanobacteriales

## En savoir plus

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: document utilisé comme source pour la rédaction de cet article.

### Sources bibliographiques de référence

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* Miklós Csűrös et István Miklós : « Streamlining and Large Ancestral Genomes in Archaea Inferred with a Phylogenetic Birth-and-Death Model », Mol. Biol. Evol., vol. 26, n°9, 2009, pp.2087-2095
* Simonetta Gribaldo, Patrick Forterre et Céline Brochier-Armanet : « Les Archaea : évolution et diversité du troisième domaine du vivant », Bull. Soc. Fr. Microbiol., vol. 23, n°3, 2008, pp.137–145
* Beile Gao et Radhey S Gupta : « Phylogenomic analysis of proteins that are distinctive of Archaea and its main subgroups and the origin of methanogenesis », BMC Genomics, 8:86, 2007
* George M. Garrity, Timothy G. Lilburn, James R. Cole, Scott H. Harrison, Jean Euzéby et Brian J. Tindall : The Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea (TOBA). Release 7.7, 2007, « Part 1 - The Archaea: Phyla Crenarchaeota and Euryarchaeota », pp.6-31
* Brett J. Baker, Gene W. Tyson, Richard I. Webb, Judith Flanagan, Philip Hugenholtz, Eric E. Allen et Jillian F. Banfield : « Lineages of Acidophilic Archaea Revealed by Community Genomic Analysis », Science, vol. 314, pp. 1933-1935, 2006
* Simonetta Gribaldo et Céline Brochier-Armanet : « The origin and evolution of Archaea: a state of the art », Phil. Trans. R. Soc. B, vol. 361, pp. 1007–1022, 2006
* Céline Brochier, Patrick Forterre et Simonetta Gribaldo : « An emerging phylogenetic core of Archaea: phylogenies of transcription and translation machineries converge following addition of new genome sequences », BMC Evolutionary Biology, 2005, 5:36
* George M. Garrity, Julia A. Bell et Timothy G. Lilburn : Taxonomic Outline of the Prokaryotes, Release 5.0 - Bergey's Manuel of Systematic Bacteriology, Second Edition, 2004, pp. 1-399
* Thomas Cavalier-Smith : « The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 52, pp. 7–76, 2002

### Autres sources bibliographiques

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* Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader : Classification phylogénétique du vivant, Belin, 2001-2006³ (ISBN 2-7011-4273-3)

### Sources internet

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* « Mikko's Phylogeny Archive »
* The Taxonomicon
* « Palaeos.org »(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)
* « Micro*scope »(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)
* NCBI Taxonomy Browser
* The Tree of Life Web Project

### Articles connexes

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* Archaea \- Archaebacteria
* Le vivant (classification phylogénétique)
* Arbre phylogénétique
* Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader

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