Ensembl

The Ensembl genome database project.内容

说明（描述）| Ensembl
相关信息
研究中心|

* 维康基金桑格研究院（英语：Wellcome Trust Sanger Institute）
* 欧洲生物信息研究所

主要参考文献（引用）| Hubbard, et al. (2002)[1]

网站| www.ensembl.org

Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automatic annotation）并加以维护的软件。该计划由英国维康基金桑格研究院（英语：Wellcome Trust Sanger Institute）及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息研究所共同协作运营，这是为了回应人类基因组计划即将完而于1999年启动的[1]。在存在10年之后[2]，Ensembl的目标仍然是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己的物种和其他脊椎动物和模式生物的基因组而提供集中的资源。Ensembl是几个知名的基因组浏览器（英语：Genome browser）之一，用于检索基因组学信息。

相似的数据库和浏览器还有美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）和加州大学圣克鲁兹分校的UCSC基因组浏览器（英语：UCSC Genome Browser）。

## 软件及数据

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该计划开放所有源信息，所有由该计划所产生的数据及软件都可以免费及自由地从网络上获取并使用。

该计划所开发并使用的大部分软件是用Perl语言编写的，并基于BiopPerl的基础框架。其他基因组计划亦可轻易使用Perl语言的应用程序接口（Application programming interface，API）。比方说，可以使用它对基因或者克隆目录进行诠释。

## 目前已有物种

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## 软件使用

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## 参阅

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* 美国国家生物技术信息中心（NCBI）
* UCSC基因组浏览器（英语：UCSC Genome Browser）

## 参考资料

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1. ^ 1.0 1.1 Flicek, Paul; Amode, M. Ridwan; Barrell, Daniel; Beal, Kathryn; Brent, Simon; Chen, Yuan; Clapham, Peter; Coates, Guy; Fairley, Susan. Ensembl 2011. Nucleic Acids Research. 2011-1, 39 (Database issue): D800–D806  [2021-03-07]. ISSN 0305-1048. PMC 3013672 . PMID 21045057. doi:10.1093/nar/gkq1064. （原始内容存档于2021-04-14）. 请检查`|date=`中的日期值 (帮助)
2. ^ Flicek, Paul; Aken, Bronwen L.; Ballester, Benoit; Beal, Kathryn; Bragin, Eugene; Brent, Simon; Chen, Yuan; Clapham, Peter; Coates, Guy. Ensembl’s 10th year. Nucleic Acids Research. 2010-1, 38 (Database issue): D557–D562  [2021-03-07]. ISSN 0305-1048. PMC 2808936 . PMID 19906699. doi:10.1093/nar/gkp972. （原始内容存档于2021-05-25）. 请检查`|date=`中的日期值 (帮助)

## 外部链接

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* 官方网站
* Vega（页面存档备份，存于互联网档案馆）
* Pre-Ensembl
* Ensembl genomes（页面存档备份，存于互联网档案馆）
* UCSC Genome Browser（页面存档备份，存于互联网档案馆）
* NCBI（页面存档备份，存于互联网档案馆）
* Ensembl: Browsing chordate genomes on EBI Train OnLine（页面存档备份，存于互联网档案馆）

* 查
* 论
* 编

生物信息学

数据库|

* 测序数据库：GenBank、European Nucleotide Archive（英语：European Nucleotide Archive）、日本DNA数据库(DDBJ)

* 辅助数据库：UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和 蛋白质信息资源（英语：Protein Information Resource）

* 其它数据库：蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro（英语：InterPro）

* 专项基因组数据库：酵母基因组数据库（英语：Saccharomyces Genome Database）、FlyBase（英语：FlyBase）、VectorBase（英语：VectorBase）、PomBase、WormBase（英语：WormBase）、PHI-base（英语：PHI-base）、拟南芥信息资源（英语：The Arabidopsis Information Resource）与斑马鱼信息网（英语：Zebrafish Information Network）

软件|

* BLAST
* Bowtie
* Clustal
* EMBOSS（英语：EMBOSS）
* HMMER（英语：HMMER）
* MUSCLE
* SAMtools（英语：SAMtools）
* TopHat（英语：TopHat (bioinformatics)）

其它|

* 服务器：ExPASy（英语：ExPASy）
* 本体论：基因本体

机构|

* 欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)
* 欧洲分子生物学实验室(EMBL)
* 美国国家生物技术信息中心（NCBI）
* 瑞士生物信息学研究所（英语：Swiss Institute of Bioinformatics）
* 日本國立遺傳學研究所
* 博德研究所
* 维康桑格研究所
* 斯克里普斯研究所(TSRI)

文件格式|

* FASTA格式
* FASTQ格式
* 斯德哥尔摩格式（英语：Stockholm format）

有关议题|

* 计算生物学
* 分子系统发生学
* 测序
* 序列比對

* 分类
* 维基共享

* 查
* 论
* 编

惠康基金會

中心和研究所|

| 當前|

* Francis Crick Institute（英语：Francis Crick Institute）
* Gurdon Institute（英语：Gurdon Institute）
* Sainsbury Wellcome Centre for Neural Circuits and Behaviour
* Science Learning Centres（英语：Science Learning Centres）
* WTC for Cell-Matrix Research（英语：Wellcome Trust Centre for Cell-Matrix Research）
* WTC for Gene Regulation and Expression（英语：Wellcome Trust Centre for Gene Regulation and Expression）
* WTC for Human Genetics（英语：Wellcome Trust Centre for Human Genetics）
* WTC for Mitochondrial Research
* WTC for Molecular Parasitology
* WTC for Neuroimaging（英语：Wellcome Trust Centre for Neuroimaging）
* WTC for Stem Cell Research（英语：Wellcome Trust Centre for Stem Cell Research）
* 维康桑格研究所

|

以前|

* Wellcome Trust Centre for the History of Medicine（英语：Wellcome Trust Centre for the History of Medicine）
* Wellcome Research Laboratories（英语：Wellcome Research Laboratories）

項目及設施|

* 千人基因组计划
* Big Picture（英语：Big Picture (magazine)）
* 劍橋生物醫學園區
* Cancer Genome Project（英语：Cancer Genome Project）
* ChEMBL
* Coalition for Epidemic Preparedness Innovations（英语：Coalition for Epidemic Preparedness Innovations）
* COSMIC cancer database（英语：COSMIC cancer database）
* DECIPHER（英语：DECIPHER）
* Diamond Light Source（英语：Diamond Light Source）
* ELife
* Ensembl
* Farmcare（英语：Farmcare）
* Genome Reference Consortium（英语：Genome Reference Consortium）
* 人类基因组计划
* Malawi Liverpool Wellcome Trust
* MEROPS
* Pfam
* Rfam（英语：Rfam）
* 英国生物样本库
* Wellcome Collection（英语：Wellcome Collection）
* Wellcome Genome Campus（英语：Wellcome Genome Campus）
* Wellcome Library（英语：Wellcome Library）
* WormBase（英语：WormBase）

理事會|

* Eliza Manningham-Buller（英语：Eliza Manningham-Buller）
* Michael Ferguson（英语：Michael Ferguson (biochemist)）
* Tobias Bonhoeffer（英语：Tobias Bonhoeffer）
* Alan Brown
* William Burns
* Bryan Grenfell（英语：Bryan Grenfell）
* Naguib Kheraj（英语：Naguib Kheraj）
* Fiona Powrie（英语：Fiona Powrie）

行政領導團隊|

* Jeremy Farrar（英语：Jeremy Farrar）
* Chris Bird（英语：Chris Bird）
* Stephen Caddick（英语：Stephen Caddick）
* Simon Chaplin（英语：Simon Chaplin）
* Alyson Fox（英语：Alyson Fox）
* Peter Pereira Gray（英语：Peter Pereira Gray）
* Mark Henderson（英语：Mark Henderson）
* Chonnettia Jones（英语：Chonnettia Jones）
* Tim Livett（英语：Tim Livett）
* Nick Moakes（英语：Nick Moakes）
* Kathy Poole（英语：Kathy Poole）
* Jim Smith（英语：Jim Smith）
* James Thomas（英语：James Thomas）
* Ed Whiting（英语：Ed Whiting）

前任董事|

* Peter Williams（英语：Peter Williams (physician)） (1965–1991)
* Bridget Ogilvie（英语：Bridget Ogilvie） (1991–1998)
* 迈克尔·德克斯特 (1998–2008)
* Mark Walport（英语：Mark Walport） (2003–2013)

其他關鍵人物|

* Damon Buffini（英语：Damon Buffini）
* William Castell（英语：William Castell）
* Dominic Cadbury（英语：Dominic Cadbury）
* Harold Cook（英语：Harold Cook (medical historian)）
* Kay Davies（英语：Kay Davies）
* Oliver Franks（英语：Oliver Franks, Baron Franks）
* Roger Gibbs（英语：Roger Gibbs）
* 亨利·哈利特·戴尔
* 理查·海因斯
* Anne Johnson（英语：Anne Mandall Johnson）
* 羅伊·波特
* Peter Rigby
* David Steel（英语：David Steel (businessman)）
* David Stuart（英语：David Ian Stuart）
* 约翰·苏尔斯顿
* Henry Wellcome（英语：Henry Wellcome）

獎項和獎學金|

* Capital Awards（英语：Capital Awards）
* Collaborative Awards in Science（英语：Collaborative Awards in Science）
* Investigator Awards in Science（英语：Investigator Awards in Science）
* Institutional Strategic Support Fund（英语：Institutional Strategic Support Fund）
* Science Strategic Award（英语：Science Strategic Award）
* Sir Henry Dale Fellowship（英语：Sir Henry Dale Fellowship）
* Sir Henry Wellcome Postdoctoral Fellowship（英语：Sir Henry Wellcome Postdoctoral Fellowship）
* Wellcome Book Prize（英语：Wellcome Book Prize）
* Wellcome Image Awards（英语：Wellcome Image Awards）
* Wellcome Trust Centre（英语：Wellcome Trust Centre）
* Wellcome Trust Principal Research Fellow（英语：Wellcome Trust Principal Research Fellow）
* Wellcome Trust Senior Research Fellow（英语：Wellcome Trust Senior Research Fellow）

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