Село расположено на левом берегу реки Ямансу, в 18 км к юго-западу от районного центра — Ножай-Юрт и в 93 км к юго-востоку от города Грозный.
Ближайшие населённые пункты: на севере — село Бильты, на востоке — село Зандак-Ара, на юго-востоке — село Стерч-Керч, на юге — село Денги-Юрт, на юго-западе — село Гуржи-Мохк, на западе — село Энгеной и на северо-западе — село Хочи-Ара[4].
В своей работе 1978 года исследователь Сулейманов А. С. утверждал, что предания и сведения тептара говорят о возникновении селения Гендаргана в X веке. Основателями Гендаргана, согласно А. С. Сулейманову, считаются братья Гандар и Гуно, а также их сестра Курчала. Позднее, «когда стало тесно жить в Гендаргана», Гуно и Курчала переселились на новые места и основали, соответственно, селения Гуни и Курчалой (у А. С. Сулейманова — Гуьна и Курчала), дав таким образом начало тайпам Гуной и Курчалой[6].
В переиздании работы А. С. Сулейманова 1997 года появилась вставка ещё об одном предании, по-своему объясняющем происхождение аула Гендаргана и гендарганойцев (предание было помещено в часть, посвящённую тайпу Гуной, а в первоначальной работе 1978 года в этой части такого предания нет[7])[8]:
«Когда сирийский царь Саид-Али умер, на троне оказался представитель другого клана. Сыновья царя Саид-Али Обул-Хан, Решт-Хан и Хамзат-Хан, лишившиеся трона отца, не пожелали жить на родине и ушли на север. Они оказались в районе „Курку-Лам“ или „Кхеташ-корт“, в районе нынешнего расположения селения Центарой и Тазен-Кала. У одного из этих трёх сыновей сирийского царя Саид-Iали было три сына — Гундал, Нижал и Гундарген. Последний — Гундарген осел там, где в наши дни расположено село Гендаргана, а два брата — Гундал и Нижал — остались на месте.»
— «Топонимия Чечни» 1997.
Ряд исследователей (например, советский грузинский историк абхазского происхождения д. и. н., профессор Г. З. Анчабадзе в работе 2001 года) сомневаются в возможности сирийского происхождения нахских предков, считая, что эта деталь явно вставлялась в сказания позднее, и связана с распространением ислама[9].
В составе Российской Империи
Жители села принимали активное участие в чеченских восстаниях против действий Российской империи на Северном Кавказе. В декабре 1839 — январе 1840 годов, во время военной экспедиции генерала Пулло, направленной на поддержание российского управления в регионе и разоружение «плоскостных» чеченцев, аул Гендерген был ссожён[10]?, вместе с аулом Зандак-Ара[11].
В составе СССР
С 1944 по 1958 года, в период депортации чеченцев и ингушей и упразднения Чечено-Ингушской АССР, село Гендерген носило название Верхний Сиух[12][13][14].
Анчабадзе Г. З.Вайнахи / Ред. Н. В. Гелашвили. — Тбилиси, 2001. — 84 с.
Сулейманов А. С.II часть: Горная Ингушетия. Горная Чечня // Топонимия Чечено-Ингушетии: в IV частях (1976-1985 гг.). — Грозный: Чечено-Ингушское книжное изд-во, 1978. — 289 с. — 5000 экз.
Сулейманов А. С.Топонимия Чечни. — Нальчик: «Эль-Фа», 1997. — 682 с. — 1000 экз. — ISBN 5-88195-263-4.Архивная копия от 7 ноября 2014 на Wayback Machine (сокращённое переиздание на чеченском и русском языках)
Хожаев Д.Чеченцы в русско-кавказской войне / Автор проекта и научн. ред. Т. А. Мазаева. — Грозный-Санкт-Петербург: «Седа», 1998. — 250 с. — ISBN 5-85973-012-8.Архивная копия от 22 декабря 2014 на Wayback Machine