A Longa Viagem da Biblioteca dos Reis - Do terremoto de Lisboa à Independência do Brasil. Companhia das Letras, 2002. ISBN8535902880
O Sol do Brasil: Nicolas-Antoine Taunay e as Desventuras Dos Artistas Franceses na Corte de D. João 1816-1821. Companhia das Letras, 2008. ISBN9788535911855 - Prêmio Jabuti - Melhor Biografia 2009
D. João Carioca - A corte portuguesa chega ao Brasil 1808-1821. Companhia das Letras, 2008. ISBN9788535911206
Um enigma chamado Brasil (Org. com André Botelho). Companhia das Letras, 2009. ISBN8535915494 - Prêmio Jabuti - Ciências Sociais 2010
Agenda brasileira (Org. com André Botelho). Companhia das Letras, 2011. ISBN9788535918748
História do Brasil Nação Vol. 3 - A abertura para o mundo 1889-1930 (Org. do volume e Diretora da Coleção). Objetiva, 2012. ISBN9788539003860
Nem preto nem branco, muito pelo contrário. Claro Enigma (Companhia das Letras), 2012. ISBN9788581660233
A batalha do Avaí - a beleza da barbárie: a Guerra do Paraguai pintada por Pedro Américo. Rio de Janeiro, Sextante. 2013. ISBN9788575429969
Brasil: uma Biografia (co-written with Heloisa Murgel Starling). Companhia das Letras. 2015. ISBN9788535925661 (English edition: Brazil, a Biography.Penguin Books, 2018)[12]
Lima Barreto: Triste Visionário. Companhia das Letras, 2017. ISBN9788535929133
Dicionário da Escravidão e Liberdade (organizer, with Flávio dos Santos Gomes). Companhia das Letras, 2018.