Der Begriff Bazillen umfasst eigentlich keine Verwandtschaftsgruppe und damit kein gültiges Taxon, sondern bezieht sich ausschließlich auf die äußere Gestalt der Bakterien. Trotzdem wird der Begriff auch für die GattungBacillus angewendet. Dies hängt mit der historischen Entwicklung der Mikrobiologie zusammen, früher wurden so gut wie alle stäbchenförmigen und auf die Gram-Färbung positiv reagierenden Bakterien zu dieser Gattung gestellt. Bei den im Sinne der Zellform stäbchenförmigen Bakterien gibt es in Hinblick auf die Gram-Färbung keine Einheitlichkeit. Innerhalb der gramnegativen Bazillen können beispielsweise Escherichia coli und Salmonella mit MacConkey-Agar unterschieden werden.[2] So sind Bazillen in zahlreichen Verwandtschaftsgruppen der Bakterien zu finden.
Anders als Kokken leben Bazillen meist einzeln und nicht in Ketten; Abweichungen hiervon werden nach der Form ihrer Assoziationen als Diplobacilli, Streptobacilli oder Palisaden bezeichnet[3] (siehe auch Graphik).
Bacillus bezeichnet nur eine unter vielen Bazillen-Gattungen, während Bacilli (abgeleitet von der Mehrzahl für Bacillus „Stäbchen“) eine Klasse von Bakterien umfasst, zu der nicht nur Bazillen (darunter Bacillus), sondern auch Kokken (Kugelbakterien) gehören. Bei der Lektüre englischsprachiger Texte kann es zu Verwechslungen kommen, da hier bacilli auch generell Bazillen (Stäbchenbakterien) bezeichnet.
Michael T. Madigan, John M. Martinko, Jack Parker: Brock Mikrobiologie. Deutsche Übersetzung herausgegeben von Werner Goebel. 1. Auflage. Spektrum Akademischer Verlag GmbH, Heidelberg/Berlin 2000, ISBN 3-8274-0566-1, S. 65, 558–560, 1055.
Hans G. Schlegel, Christiane Zaborosch: Allgemeine Mikrobiologie, 7. Auflage. Thieme Verlag, Stuttgart/New York 1992. ISBN 3-13-444607-3
Horst Bayrhuber, Eckhard R. Lucius: Mikroorganismen im Unterricht. Handbuch der praktischen Mikrobiologie und Biotechnik, Band 3. Metzler-Schulbuchverlag, Hannover 1992. ISBN 3-8156-3351-6
↑Paul Diepgen, Heinz Goerke: Aschoff: Kurze Übersichtstabelle zur Geschichte der Medizin. 7., neubearbeitete Auflage. Springer, Berlin/Göttingen/Heidelberg 1960, S. 42.