Rudolf wurde 1675 Pfarrer in Seon und 1676 Professor für Hebräisch und Ethik an der Hohen Schule in Bern. 1700 wurde er zum Professor für Theologie berufen.
Hanspeter Stucker: Bedeutende Zofinger. Johann Rudolf Rudolf (1646–1718) und Johann Georg Altmann (1695–1758), Professoren an der Hohen Schule in Bern. In: Zofinger Neujahrsblatt auf das Jahr 1989, S. 71–89.
Friedrich Trechsel: Johann Rudolf Rudolf. Professor und Dekan. Ein Theologenbild der alten Schule. In: Berner Taschenbuch auf das Jahr 1882. Bern 1881, S. 1–98. doi:10.5169/seals-124712