Die Meistriliiga 2001 war die elfte Spielzeit der höchsten estnischenFußball-Spielklasse der Herren. Gespielt wurde regulär vom 31. März bis zum 4. November 2001, die beiden Relegationsspiele am 12. und 17. November 2001.[1]
Der FC Flora Tallinn konnte am Saisonende seine fünfte Meisterschaft in der Vereinsgeschichte perfekt machen. Als amtierender estnischer Meister scheiterte Flora in der folgenden Champions-League-Saison 2002/03 an APOEL Nikosia. Der FC Lootus Kohtla-Järve ging am Ende der Saison in die Relegation, gegen den FC Valga und konnte diese für sich entscheiden. Der Tabellenletzte FC Kuressaare musste in die zweitklassige Esiliiga absteigen.