Endlicher studierte ursprünglich Theologie und erhielt die niederen Weihen. 1828 bekam er in Wien die Anstellung an der Hofbibliothek, deren Handschriftensammlung er neu ordnete. Er studierte Naturwissenschaften, besonders Botanik und ostasiatische Sprachen. Eine lange Zeit schrieb er eine grundlegende chinesische Grammatik. Im Jahr 1833 wurde er zum Mitglied der Leopoldina gewählt. Ab 1840 war er Professor und Direktor des botanischen Gartens. Er verfasste die zu seiner Zeit umfassendste Darstellung des Pflanzenreiches nach einem natürlichen System. Auf Endlichers Anregung hin enthalten die zusammen mit Franz Unger 1843 herausgegebenen Grundzüge der Botanik erstmals Textbilder. 1842 wurde Endlicher in die American Philosophical Society[1] und 1845 in die American Academy of Arts and Sciences gewählt. Mit Joseph von Hammer-Purgstall setzte er 1847 die Gründung der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften durch.
Endlichers größtes botanisches Verdienst besteht in dem von ihm aufgestellten natürlichen Pflanzensystem, welches er dargelegt hat in seinem Werk Genera plantarum secundum ordines naturales disposita (Wien 1836–1850) und später in seinem Enchiridion botanicum exhibens classes et ordines plantarum (Leipzig 1841). Dies Werk ist seiner Vollständigkeit in der Charakteristik der Familien und Gattungen wegen bis auf die neueste Zeit unentbehrlich geblieben.
Außer dem Atlas von China nach der Aufnahme der Jesuitenmissionäre (Wien 1843, 6 Hefte) und Karte der Provinz Tche Kiang, gab er eine Anzahl schätzbarer Beiträge zur Kunde der älteren deutschen und altklassischen Literatur sowie der ungarischen Geschichtsquellen, so zwei Dichtungen des Priscian (Wien 1828), die Bruchstücke einer altdeutschen Übersetzung des Matthäus-Evangelium aus den Mondseer Fragmenten (mit Hoffmann von Fallersleben, Wien 1834; 2. Aufl., mit Hans Ferdinand Maßmann, 1841), die Analecta grammatica (Wien 1836) und Anfangsgründe der chinesischen Grammatik (Wien 1845) heraus.
Prodromus Florae Norfolkicae sive Catalogus Stirpium quae in Insula Norfolk Annis 1804 et 1805 a Ferdinando Bauer collectae et depictae nunc in Museo Caesareo Palatino Rerum Naturalium Vindobonae servantur. Beck, Wien 1833 (zobodat.at [PDF; 7,4 MB]).
Atakta Botanika. Nova Genera et Species Plantarum descripta et iconibus illustrata. Beck, Wien 1833[–1835] (Digitalisat).[3]
mit Eduard Poeppig: Nova Genera ac Species Plantarum quas in Regno Chilensi peruviano et in Terra Amazonica Annis MDCCCXXVII Ad MDCCCXXXII descripsit iconibusque illustravit. 3 Bände. Hofmeister, Leipzig 1835–1845 (Digitalisate: Band 1, Band 2, Band 3).
Genera Plantarum secundum Ordines naturales disposita. 18 Teile. Beck, Wien 1836–1850.[3]
Bemerkungen über die Flora der Südseeinseln. In: Annalen des Wiener Museums der Naturgeschichte. Bd. 1, 1836, ISSN0257-6112, S. 129–190 (zobodat.at [PDF; 25 MB]).
Grundzüge einer neuen Theorie der Pflanzenzeugung. Beck, Wien 1838 (Digitalisat).[3]
Stirpium Australasicarum Herbarii Hügeliani Decader tres. In: Annalen des Wiener Museums der Naturgeschichte. Bd. 2, 1840, S. 189–211 (zobodat.at [PDF; 1,5 MB]).
Enchiridion Botanicum exhibens Classes et Ordines Plantarum accedit Nomenclator Generum et Officinalium vel usualium indicatio. Engelmann u. a., Leipzig u. a. 1841 (Digitalisat).
Die Medicinal-Pflanzen der österreichischen Pharmakopöe. Ein Handbuch für Aerzte und Apotheker. Gerold, Wien 1842 (Digitalisat).
David Stifter: Christian Wilhelm Ahlwardt, Stephan Ladislaus Endlicher und Johann Heinrich August Ebrard im Kontext der Keltologie des 19. Jahrhunderts. In: Hans Hablitzel, David Stifter (Hrsg.): Johann Kaspar Zeuß im kultur- und sprachwissenschaftlichen Kontext (19. bis 21. Jahrhundert). Kronach 21.–23. 7. 2006 (= Keltische Forschungen. 2). Praesens, Wien 2007, ISBN 978-3-7069-0421-6, 209–253.
Christa Riedl-Dorn: Ein uomo universale des 19.Jahrhunderts und sein wissenschaftliches Netzwerk. Stephan Ladislaus Endlicher und seine Korrespondenz mit Wissenschaftlern seiner Zeit (= Schriften des Archivs der Universität Wien. 26) V&R unipress u. a., Göttingen 2019, ISBN 978-3-8471-0918-1.
↑Lotte Burkhardt: Verzeichnis eponymischer Pflanzennamen. 2 Teile. Erweiterte Edition. Freie Universität Berlin – Botanic Garden and Botanical Museum Berlin, Berlin 2018, ISBN 978-3-946292-26-5, doi:10.3372/epolist2018.