Historia de El Salvador

La historia de El Salvador es la narración y estudio cronológico de los acontecimientos demostrables, relacionados con los seres humanos, que han ocurrido en el actual territorio de El Salvador, país de América Central que ha pasado por diversas épocas y periodos, que han marcado su actual estado económico, político y social.

Antes de la llegada de los conquistadores españoles a América, el territorio se encontraba habitado por diversos pueblos originarios que ya habían formado órdenes sociales sofisticadas. Con el sincretismo y la conquista se iría conformando la alcaldía mayor de San Salvador (que en 1786 pasaría a ser intendencia y en 1821 provincia) y la alcaldía mayor de Sonsonate; ambas eran parte de la capitanía general de Guatemala y del virreinato de Nueva España, y adquirirían su independencia del Imperio español el 15 de septiembre de 1821. Luego de lo cual, y después de la anexión y guerra contra el Primer Imperio mexicano y de la declaración de la independencia absoluta de Centroamérica el 1 de julio de 1823, ambas pasarían a formar parte de las Provincias Unidas de Centroamérica, donde la entonces provincia de San Salvador y la alcaldía mayor de Sonsonate se unirían y formarían el Estado del Salvador en 1824 para formar parte de la República Federal de Centro América, como una entidad federativa. El Salvador adquiriría su estatus de república libre e independiente el 25 de enero de 1859, luego de separarse de la Federación Centroamericana en 1841, unión que fue disuelta de facto 2 años antes, en 1839, al haberse separado de esta el resto de estados centroamericanos, quedando solo El Salvador como miembro oficial de ella.

A partir de mediados del siglo XIX, El Salvador inicia un lento proceso de consolidación económica y social como nación independiente hasta comenzar la concreción de esta con las reformas liberales entre las décadas de 1870 y 1890. Esta coyuntura inauguraría el período denominado "La república cafetalera", que caracterizaría a la historia salvadoreña al menos hasta la década de 1920. En 1931 se iniciaría un periodo conocido como la "dictadura militar", donde la Fuerza Armada controlaría el gobierno hasta 1979. Durante los años ochenta acontecería la guerra civil, dejando un saldo de muertos y desaparecidos sin precedentes en su historia.

En 1992 se firmarían los Acuerdos de Paz de Chapultepec, que terminarían el conflicto armado y darían inicio a la posguerra; donde la situación económica y social tendería a dificultar las posibilidades de superación de la población, debido al abandono social, delincuencia, corrupción política y la falta de apoyo, en el ámbito económico y social, por parte de los gobiernos en turno. En los 27 años, después de la firma de los Acuerdos de Paz, el gobierno estaría en manos de: Alianza Republicana Nacionalista de El Salvador (ARENA), que estuvo a cargo del estado durante 20 años; y El Frente Farabundo Marti Para la Liberación Nacional (FMLN), durante 10. En el 2019, llegaría a la presidencia Nayib Bukele, bajo la bandera del partido Gana e impulsando el partido de Nuevas Ideas, que se convertiría en la primera fuerza política en las elecciones legislativas y municipales de 2021.

El territorio actual de El Salvador, en lo referente a su historia geológica, es un país extremadamente joven; donde el 5% del territorio se encuentra conformado por rocas, principalmente sedimentarias, del período Cretácico (de la era Mesozoica); mientras que el resto del país está cubierto de rocas, en su mayoría volcánicas, de la era Cenozoica.^[3]​ Durante la época geológica del Pleistoceno (al final del cual llegarían los primeros humanos), debido a las distintas glaciaciones, el país era más árido, semejante a la sábana africana; y, junto con la fauna que aún sobrevive, se encontraban también grandes mamíferos (conocidos como la megafauna), cuyos restos se han encontrado en sitios como el Tomayate, la Barranca del Sisimico y El Hormiguero, tales como: mamuts (de la especie Mammuthus columbi), mastodontes del género Cuvieronius, felidos con dientes de sable (del género Smilodon), toxodontes, caballos americanos (género Equus), gliptodontinos (armadillos o cusucos gigantes), perezosos terrestres (de las familias Megalonychidae y Megatheriidae), camélidos, y bisontes (género Bison).^[4]​^[1]​^[2]​

Según análisis genéticos de la población salvadoreña, en el adn mitocondrial (que se hereda por vía materna) de la mayoría de la población es más frecuente encontrar haplogrupos de origen indígena (a diferencia de los genes del cromosoma Y, que se heredan por vía paterna, y donde es más frecuente encontrar los haplogrupos de origen europeo, sobre todo en las áreas urbanas; quedando en ambos, en tercer lugar, los procedentes de africanos). Siendo el haplogrupo mitocondrial más predominante el A2 (en un aproximadamente 91% según Salas et al. 2009, o en un 72.7% según Aizpurua-Iraola et al. 2023), que procede de los primeros pobladores del continente y cuyas variantes más antiguas habrían llegado por primera vez al territorio salvadoreño hace unos 13,400 ± 5,200 años antes del presente.^[5]​^[6]​^[7]​

Estos primeros humanos emigrarían al final de la glaciación de Würm; y eran grupos nómadas de cazadores-recolectores, que reciben el nombre de paleoamericanos o paleoindios, y que se dedicaban principalmente a la caza de los animales pertenecientes a la megafauna utilizando puntas de lanza de la cultura clovis. Uno de los lugares donde se podría ver algún vestigio de ellos es en la Cueva del Espíritu Santo, más aún en su arte rupestre más antiguo.^[8]​^[9]​

Tras la extinción de los últimos animales de la megafauna (alrededor del 8,000 a. C.) los grupos nómadas empiezan a dedicarse principalmente a la recolección y después a la agricultura con lo cual las poblaciones se hacen sedentarias.^[8]​^[9]​

En las islas del golfo de Fonseca se han encontrado evidencia de una continua ocupación humana; específicamente en la isla Periquito, se han descubierto concheros (acumulación intencionada de desechos de moluscos, crustáceos y otros animales acuáticos que formaban parte de la dieta de esos grupos humanos, y que a su vez podía tener un uso ritual) cuyo fechamiento más antiguo se sitúa alrededor de 1800 a. C..^[10]​

Sedimentos provenientes de la Laguna Verde (Apaneca), laguna Llano del Espino (Ahuachapán) y Laguna Cuzcachapa (Chalchuapa), muestran que para alrededor del 2000 a. C. por primera vez ocurre una disminución de árboles y un aumento en la aparición de polen de maíz debido la agricultura.^[11]​ Posteriormente, alrededor del 1,500 a. C., se evidencia que además de la siembra de maíz, hay una tala de bosques, quema de material orgánico y una erosión incrementada, lo que evidencia el comienzo de la sedentarización de las poblaciones.^[11]​^[9]​

Con la sedentarización de las poblaciones y el comienzo de la fabricación de cerámica se inicia el período preclásico, durante el cual: llegaron los mayas y lencas; y las poblaciones fueron grandemente influenciadas por la cultura olmeca.^[8]​

Durante este período se formaron las primeras aldeas agrícolas, algunas de estas permanecieron como simples aldeas, mientras que otras desarrollaron rasgos más avanzados. A la vez, aparecen las primeras cerámicas y los sitios tenían nexos comerciales con sitios ubicados en el área del Soconusco en el estado mexicano de Chiapas.^[8]​

El asentamiento más antiguo con evidencia de cerámica es El Carmen que data del 1590 a. C. (±150 años).^[8]​ La cerámica de este sitio es muy similar a la encontrada en Chiapas y la costa pacífica de Guatemala,^[12]​ y a su contexto cultural se le denomina fase Bostan.^[13]​

Para alrededor del 1,200 a. C. hay evidencia de cerámica en Chalchuapa y Finca Rosita (Santa Ana);^[11]​ en el caso de Chalchuapa esto se presenta en dos localidades: la orilla norte de la laguna Cuzcachapa y cerca del manantial El Trapiche.^[11]​ Al igual que en El Carmen la cerámica de estos sitios es muy parecida a la de Chiapas y Guatemala, lo que apoya la interpretación de que los primeros habitantes del occidente salvadoreño procedían de la región del litoral pacífico (entre Chiapas y Guatemala) y que probablemente eran hablantes de alguna lengua Zoque y practicantes de la cultura Mokaya.^[8]​ En el caso de Chalchuapa y Finca Rosita, su contexto cultural recibe el nombre de fase Tok.^[11]​

En la zona oriental, la evidencia más antigua de este período proviene del sitio arqueológico La Rama, el cual está conformado por huellas tanto humanas como de animales, los cuales datan de alrededor del 1,500 a. C. según estudios de estratigrafía comparativa.^[12]​

Al inicio de este período se empezó hacer notorio el crecimiento de la población de agricultores y una fuerte expansión demográfica en las zonas occidental y central del país, probablemente por la introducción de nuevas variedades de maíz más productivas. Asimismo, es en este momento en que comienza la construcción de pirámides escalonadas en los sitios, como es el caso de la estructura E3-1 de El Trapiche en Chalchuapa.^[8]​

Los principales sitios de este período tenían nexos comerciales y se veían influenciados por el área olmeca y sitios ubicados en la costa pacífica de Guatemala.^[8]​ La influencia olmeca en territorio salvadoreño se observa a través de esculturas como la piedra de Las Victorias (que representa a 4 personajes con rasgos olmecas en lo que parece un ritual a la fertilidad y al maíz)^[11]​ y el monumento 7 (una escultura obesa conocida como barrigón o gordinflón, este tipo de esculturas es muy común en el sureste de Mesoamérica,^[10]​ este en particular cuenta con rasgos olmecas y es uno de los más antiguos de El Salvador)^[14]​^[15]​ en Chalchuapa, y el llamado hombre de la banca (encontrado en la cima de la estructura 1 del sitio arqueológico Finca Rosita) en Santa Ana.^[10]​

Los principales asentamientos fueron: Chalchuapa (con su centro ceremonial en El Trapiche), y San Nicolás, en la zona occidental; Barranco Tovar, Jayaque, El Perical y Antiguo Cuscatlán, en la zona central; y Gualacho, en la zona oriental. Los hallazgos en los sitios de este periodo principalmente de El Trapiche muestran que las poblaciones de esta época tenían una diversa complejidad social y diferenciación interna a comparación con las aldeas del preclásico temprano.^[9]​^[12]​^[16]​

Para el comienzo de este período se produjo una fuerte expansión demográfica, desarrollándose un considerable incremento en el número de poblaciones que se percibe principalmente en las tierras ubicadas a una altura por debajo de los 1000 metros y hasta los 1400 metros; con ello se amplió el contacto interregional y se desarrolló una serie de nexos culturales a través el sureste de Mesoamérica.^[8]​

Las poblaciones de la zona occidental y parte de la zona central se veían fuertemente influenciadas por las poblaciones de las tierras altas mayas centrales de la actual Guatemala (principalmente Kaminaljuyú), por lo que dichas poblaciones se ven integradas dentro del área maya, y en específico de la esfera de cerámica Providencia-Miraflores,;^[8]​ y localmente conformaban las fases Chul (500 a. C. - 200 a. C.), Caynac temprano (200 a. C. - 100 d. C.) y Caynac tardío (100 d. C. - 200 d. C.);^[8]​ en cambio las poblaciones de la zona oriental conformaban, junto con las poblaciones del occidente de Honduras, la esfera cerámica Uapala;^[8]​ a su vez existían relaciones comerciales entre los sitios de ambas esferas cerámicas.^[8]​ Mientras que los sitios del área de la Central Hidroeléctrica Cerrón Grande, cuyo contexto cultural se conoce como fase Dulce Nombre, permanecieron aislados de ambas esferas de cerámica y mantuvieron varios rasgos del preclásico medio.^[8]​

Las principales poblaciones durante este período fueron: en el occidente salvadoreño (además de Chalchuapa, cuyo centro ceremonial El Trapiche se amplió en esta época con la construcción de las estructuras del sitio arqueológico Casa Blanca)^[8]​ Santa Leticia, Finca Rosita, Cara Sucia, Ataco (específicamente el grupo arquitectónico Las Sepulturas), Tacuzcalco, Atiquizaya y Acajutla; en la zona central, Los Flores, Río Grande, El Campanario (estos tres ubicados en la zona de la Central Hidroeléctrica Cerrón Grande), El Cambio, Cerro del Zapote y Lomas del Tacuazín; en la región oriental se desarrolló Quelepa, La Laguneta y La Florida.^[9]​^[16]​

Entre las características destacables en el área maya durante este período están: la cerámica Usulután, que fue producida primeramente en Chalchuapa, y las estelas talladas que demostraban el poder que tenían los gobernantes de una determinada población, ejemplos de estas estelas de este período en el país se han encontrado en El Trapiche en Chalchuapa (en donde se han encontrado dos fragmentos de estelas, en uno se aprecia la imagen de un gobernante sentado y con el brazo extendido, que recuerda a los kuhul ajaw o reyes sagrados de las grandes ciudades mayas del período Clásico,^[10]​ y que contiene 8 columnas de escritura en las que se ha logrado identificar el signo de uinal o mes en el calendario maya;^[10]​ el otro fragmento de estela muestra la fecha 7 baktún, que corresponde a los años que transcurren del 354 a. C. al 41 d. C.)^[17]​ y en el grupo Las Sepulturas de Ataco (que es considerada de estilo Izapa pero cuenta con características propias; es un fragmento que muestra a un gobernante de pie, cuyas piernas están encima de un glifo que representaría el nombre de su territorio).^[18]​^[10]​

Una característica propia y única de los sitios de este período en el occidente del país son las llamadas Cabezas de Jaguar, las cuales son esculturas zoomorfas y antropomorfas (es de mencionar que el nombre de estas esculturas en piedra se debe a que investigadores de principios del siglo XX creyeron que eran representaciones de jaguares) que eran dispuestas en grupos de tres y estaban asociadas a otras esculturas en piedras que podían ser: estelas talladas, estelas lisas, altares (que eran utilizados como tronos),^[15]​ o barrigones (en este último caso es de mencionar a Santa Leticia, donde encima de una gran plataforma se construyeron tres montículos y tres barrigones en la fase Caynac temprano (entre 200 a. C. y 100 a. C.), posteriormente los barrigones serían enterrados y en su lugar se colocarían dos monumentos de cabezas de jaguar).^[8]​^[19]​ Los monumentos de cabeza de jaguar, son considerados un emblema político de las poblaciones del occidente del país.^[10]​

Al final de este período Kaminaljuyú entra en decadencia (por causas ecológicas e invasiones de poblaciones del noroeste), lo que causa el fin de la esfera cerámica Miraflores;^[20]​ a su vez, en el territorio salvadoreño, varios sitios (como Santa Leticia, el grupo Las Sepulturas de Ataco, Finca Rosita, El Trapiche y Casa Blanca) son completamente abandonados,^[8]​^[21]​ y las tradiciones asociadas a este período son completamente olvidadas.^[21]​^[22]​

Durante el periodo clásico las ciudades dominantes del área occidental y central comerciaban y se veían influenciados grandemente por Copán y Teotihuacán, en cambio la zona oriental incluyendo Quelepa comerciaban y se veían influenciadas por poblaciones en el valle de Ulúa en Honduras y de Veracruz.^[8]​^[9]​

En este período poblaciones como Chalchuapa, Cara Sucia (en el occidente salvadoreño), y El Cambio (en la zona central) se mantuvieron habitadas; al igual que todos los sitios del área del Cerrón Grande y la zona oriental.^[16]​

En Chalchuapa la construcción monumental en El Trapiche y Casa Blanca se paró,^[21]​ y se redujeron los grupos de cerámica;^[22]​ a su vez se inició la construcción de Tazumal (que se convertiría en el centro ceremonial de la ciudad), y se comenzó a tener vínculos políticos y económicos con Copán.^[21]​^[8]​^[9]​

En la zona oriental se disminuyó el intercambio comercial con el occidente salvadoreño y se incrementó con las poblaciones en el centro de Honduras;^[16]​ a su vez, tanto Quelepa, La Laguneta y La Florida siguieron su desarrollo sin interrupción en todo el período clásico, a estos se agregaron nuevos sitios principales, los cuales son: Brisas de Jiquilisco y San José Jucuarán.^[16]​

En algún punto entre los siglos V y VI d. C. sucedió la erupción del Lago Ilopango lo cual causó el abandono de la mayor parte de la zona central, trasladándose los habitantes de las poblaciones deshabitadas a lugares cercanos y altos.^[8]​^[9]​^[21]​^[23]​

En la zona occidental la recuperación fue inmediata,^[23]​ como se observa en Chalchuapa donde se removió parte de la ceniza depositada y se amplió la estructura principal de Tazumal poco tiempo después de terminada la erupción.^[23]​ Por otro lado, en una tumba encontrada en Tazumal, se descubrieron objetos relacionados con Teotihuacán, lo que muestra que había nexos comerciales con esa gran ciudad del centro de México.^[8]​

En el área del cerrón Grande, en La Boquita se da una continuación en la cerámica del preclásico y a la vez está cerámica muestra conexión con Quelepa (la cual no había sido afectada por la erupción).^[8]​

La zona central específicamente el valle de Zapotitan se mantuvo despoblada por varias décadas después de la erupción,^[23]​ al poblarse nuevamente el valle se levantaron nuevas poblaciones de los cuales se alzó San Andrés como ciudad dominante.^[8]​^[9]​

Durante el período clásico tardío, San Andrés y Chalchuapa (con su centro ceremonial en Tazumal) al occidente del río Lempa y Quelepa al oriente alcanzan su mayor auge; en el área del Cerrón Grande existieron varios sitios, tales como: El Remolino, El Tanque y La Ciénaga (los cuales cuentan con varios montículos ceremoniales incluyendo juegos de pelotas y plataformas para las residencias).^[8]​

La cerámica encontradas en los sitios de las zonas occidental y central (en Chalchuapa, San Andrés y el área Cerrón Grande) son similares y forman parte de una misma área cultural conocida como fase payu, lo que probablemente indica una unidad étnica entre las poblaciones de la zona occidental y central durante este período.^[8]​ Estos sitios se veían fuertemente influenciados por Copán, lo cual se percibe a través de la cerámica (específicamente la cerámica Copador, que era producida en dicha ciudad, y que era la principal cerámica de estos sitios).^[8]​

En una de las tumbas de Tazumal se encontró un frasco, que en uno de sus lados tiene una inscripción maya que dice: «Esta vasija fue dedicada y es propiedad de K'ahk' Uti' Witz' K'awiil, rey divino de Copán y Señor del Sur»;^[24]​ por lo que dicho frasco era propiedad del XII rey de Copán K'ahk' Uti' Witz' K'awiil (también conocido como Humo Imix o Humo Jaguar, que gobernó del 628 al 695)^[25]​ y muy probablemente fue regalada por dicho rey copaneco al gobernante de Chalchuapa como parte de una estrategia política expansionista.^[24]​^[10]​

En la estructura 7 de San Andrés se descubrió una ofrenda exótica que contenía huesos de animales, conchas, una espina de mantarraya, una pieza de cerámica del Petén guatemalteco o de Belice, y un pedernal excéntrico muy probablemente importado del Petén o de Belice;^[10]​^[8]​ esto muestra que este sitio tenía vínculos comerciales con poblaciones ubicadas en el Petén y/o en Belice.^[10]​ Por otro lado, durante este período se construyó una acrópolis en el centro ceremonial San Andrés, con lo cual los gobernantes de este lugar se dotaron de un área privada desde el cuál regir la ciudad;^[9]​ San Andrés era el centro de un estado regional poderoso que regía el valle de Zapotitán, que para entonces se calcula que contaba con alrededor de 350 sitios.^[10]​^[8]​

Una de las poblaciones bajo el dominio de San Andrés fue Joya de Cerén, una aldea que fue excelentemente conservada por la ceniza del volcán Laguna Caldera alrededor del 650, lo que ha permitido conocer el modo en que vivían los habitantes de este período.^[8]​^[9]​^[10]​

En la zona oriental a la par de los sitios dominantes ya existentes surgen Los Llanitos, Asanyamba y El Chiquirín;^[10]​ todos estos sitios compartían vínculos comerciales y culturales con el centro y sureste de Honduras, la costa pacífica de Nicaragua y el golfo de Nicoya en Costa Rica.^[10]​ Específicamente las poblaciones de la zona oriental conformaban el área cultural conocida como fase Lepa, que se extiende hasta Tehuacán (en el departamento de San Vicente).^[8]​^[26]​

Los sitios de la zona oriental, y más aún Quelepa, se vieron durante este período influenciados y probablemente ocupados por poblaciones de lo que hoy es Veracruz, en Quelepa inclusive se abandonaron las estructuras que había para entonces y se edificaron nuevas estructuras al otro lado del río con características muy diferentes a las que había anteriormente.^[8]​^[16]​ En la cerámica aparecen rasgos exóticos como figurillas con ruedas, flautas de cerámica, yugos, palmas y hachas (incluso en Quelepa se encontró un hacha que tiene representado a Quetzalcoatl en su forma de Ehecatl);^[8]​

En la región costera del actual departamento de Ahuachapán y parte del de Sonsonate se estableció la cultura Cotzumalhuapa; el contexto de está cultura en el territorio salvadoreño se denomina como fase Tamasha, y como principales asentamientos se encontraban Cara Sucia, La Danta y Huiscoyalate (este último ubicado cerca de Izalco).^[26]​ De estos sitios, el que más destaca es Cara Sucia, que en este momento alcanza su apogeo y en el que se construye en su centro ceremonial una acrópolis, juego de pelota y terrazas para crear terraplenes y evitar inundaciones;^[10]​^[8]​ una escultura icónica es el llamado disco de jaguar, cuyo simbolismo estaba asociado a la guerra y el poder.^[10]​

Los grupos étnicos y etnias que poblaban el territorio eran: lencas (potones), uluas (cacaoperas), mayas (chortíes), xincas y chorotegas.^[8]​^[9]​

A partir de principios del siglo IX, empieza el colapso de las principales poblaciones del período clásico (incluyendo las grandes ciudades mayas como Copán), a raíz de esto se desintegran las distintas rutas comerciales que se habían forjado, lo que a su vez provoca que muchos sitios fueran completamente abandonados al finalizar este período, incluyendo San Andrés, Cara Sucia y Quelepa.^[8]​^[9]​

Este período se inicia con el abandono de la mayoría de las ciudades del período clásico y la emigración de diferentes grupos nahuas (alrededor del 900 a 1200),^[8]​ siendo la última de dichas migraciones a las que se les conocería como pipiles;^[27]​^[28]​ y termina dicho período con el descubrimiento y conquista del territorio salvadoreño por los españoles.^[8]​

En este período se dieron las migraciones nahuas, y las áreas que presentan una fuerte evidencia de ocupación nahua son: el valle de Chalchuapa, la parte superior de la cuenca del río Acelhuate, el valle de Sonsonate, la porción central del país, la región Metapán del Lago de Guija, la planicie costera alrededor de Acajutla y la Costa del Bálsamo.^[8]​

Las sitios principales durante este período fueron: Tazumal en Chalchuapa, Igualtepeque (en la zona occidental), Cihuatán, Las Marías (en la zona central) y Loma China (en la zona oriental);^[9]​ Cerámicas representativas de todos los sitios de esta época son: cerámica Tohil plomiza (producida en el sur de Chiapas y occidente de Guatemala) y cerámica polícromo Nicoya o Papagayo (fabricada en la costa pacífica de Nicaragua y la península de Nicoya en Costa Rica).^[16]​^[29]​

La mayoría de sitios del occidente y centro del territorio estaban fortificados y situados en lugares altos, lo que evidencia una fuerte necesidad de defenderse ante cualquier ataque;^[10]​ y se veían grandemente influenciados por la cultura tolteca (principalmente Chalchuapa)^[30]​ o Cholula (como en el caso de Cihuatán y demás sitios relacionados con este).^[28]​^[8]​

En todos los sitios de las zonas occidental y central se han encontrado representaciones de deidades nahuas (como Tlaloc, Quetzalcoatl, Xipe Totec, Huehueteotl);^[10]​ siendo Xipe Totec quien más destaca en este período, representaciones de está deidad se han hallado en Cihuatán, Las Marías, Tazumal, Carranza, Igualtepeque y Azacualpa en el lago de Güija e isla El Cajete en la Barra de Santiago en Ahuachapán.^[10]​ Por otro lado, aunque la élite (nobles y sacerdotes) de este período es claramente nahua y proveniente de México, la cerámica y los utensilios de la gente común son una evolución y adaptación de los que había en el período anterior,^[31]​^[27]​ lo que muestra que la gente común seguía manteniendo sus tradiciones y modos de vida.^[27]​^[31]​

En Chalchuapa, el centro ceremonial de Tazumal se ve ampliado con la construcción de una pirámide similar a las de Tula (capital de los toltecas),^[30]​ una pirámide circular (probablemente dedicada a Quetzalcoatl en su forma de Ehecatl), y un juego de pelota;^[10]​^[8]​^[29]​ además de que se amplió el área ceremonial con la construcción de las estructuras de los sitios Nuevo Tazumal, Los Gavilanes, y de una estructura residencial multiespacial (es decir con varias habitaciones, como las de Tula) asociado a un taller de obsidiana en la zona del los cementerio Jardín y Vergeles del Edén;^[29]​ también se levantaron dos esculturas de Chacmool, una estatua de Xipe Totec y una estela (que es conocida como virgen de Tazumal, y que representa a un gobernante de está población).^[10]​^[8]​ Lo que muestra la identidad nahua de dicha población y su vínculo con el estado tolteca.^[10]​^[30]​ A este contexto cultural de Chalchuapa se le denomina como fase Matzin.^[22]​^[8]​

Cihuatán fue una poderosa ciudad, cuya influencia o dominio abarcó gran parte de la zona central y occidental;^[28]​ dicha ciudad contaba con un centro monumental compuesto por una acrópolis (con un palacio similar a los palacios o tecpán del centro de México)^[28]​ y un centro ceremonial (conformado por la pirámide principal, un palacio, dos juegos de pelota, varias estructuras ceremoniales y murallas que protegían el recinto).^[10]​^[8]​ Por otro lado se encontraba el sitio de Las Marías, que por su tamaño (y al igual que Cihuatán) también puede considerarse una ciudad,^[32]​ que cuenta con un centro ceremonial compuesto por decenas de estructuras y una calzada, y en donde se han encontrado numerosas representaciones de Tlaloc y Quetzalcoatl;^[32]​ a su vez tanto Cihuatan y Las Marías cuentan cada uno con una amplia área domiciliar.^[32]​^[10]​ Cihuatán, Las Marías y todos sus sitios relacionados conformaban el área cultural conocida como fase Guazapa (también denominada como fase Cihuatán).^[32]​^[10]​

En la zona oriental, la cerámica muestra (que luego del abandono de Quelepa, La Laguneta y demás sitios del período anterior) que dicha región se vio fragmentada políticamente y (al igual que ocurría en los sitios de las zonas occidental y central) los sitios tendían a ubicarse en lugar altos y a estar fuertemente fortificados.^[16]​

En el sitio de Loma China (Usulután), se descubrieron montículos asociados a una estructura multiespacial (similar a la de Chalchuapa)^[29]​ y un entierro que contenía tres discos (adornos con jade, turquesa, concha y pirita; y que muestran a un guerrero con casco, chaleco y pectoral portando escudo y una lanza en forma de serpiente)^[8]​ y varias navajas de obsidiana verde (lo cual también ha sido documentado en Chalchuapa,^[29]​ y que procede de Pachuca, México, un sitio controlado por Tula).^[10]​ Lo cual muestra que los habitantes o por lo menos la nobleza de dicho sitio tenía vínculos con Chalchuapa y el estado Tolteca;^[10]​ el contexto cultural de este sitio se conoce como fase Loma China.^[16]​^[29]​

Al final de este período (alrededor del 1,200), las ciudades de Cihuatán, Las Marías y las poblaciones tributarias de estos fueron destruidas, quemadas y abandonadas probablemente por un conflicto con otro grupo nahua;^[10]​ mientras que en Chalchuapa, Tazumal y todos los demás sitios ceremoniales fueron abandonados.^[10]​ En el mismo tiempo se calcula la última migración nahua, que serían conocidos como pipiles,^[27]​ y se encuentran asentamientos en la zona de Antiguo Cuscatlán (donde estuvo la que se convertiría para el posclásico tardío en la capital de los nahuas pipiles).^[8]​

Durante este período, exactamente antes de la conquista española, el territorio estaba ocupado por tres grandes entidades territoriales; siendo el más unificado el Señorío de Cuzcatlán.^[9]​

Los pueblos indígenas que habitaron este territorio fueron: los potones, chortis, xincas, kakawiras, chorotegas, pocomames, y nahuas pipiles, todos ellos pertenecientes al área cultural mesoamericana. De estas etnias o pueblos los más extensivos eran los pipiles y los lencas salvadoreños, los primeros habitaban desde el río Paz hasta el río Lempa (con excepción de algunas áreas del recorrido de este último) cubriendo gran parte del occidente y centro de El Salvador; mientras que los lencas se encontraban distribuidos en la mayor parte de la zona oriental, el departamento de Cabañas y en parte de los departamentos de Chalatenango y San Vicente. Los demás pueblos se distribuían de la siguiente forma: los mayas chortis habitan en la mayor parte del departamento de Chalatenango y en partes del municipio de Metapán en el departamento de Santa Ana; los mayas pocomames vivían al lado de los pipiles en las poblaciones de Chalchuapa, Atiquizaya y Ahuachapán; los xincas habitaban en el pueblo de Mopicalco (pueblo extinto ubicado cerca de la frontera con Guatemala); los kakawiras o cacaoperas vivían en dos enclaves dentro del territorio de los potones, específicamente en los departamentos de San Miguel, Morazán y La Unión; por último los chorotegas vivían en el pueblo de Nicomongoya (pueblo extinto ubicado cerca de la frontera con Honduras).^[33]​^[8]​^[9]​

Los pipiles y el señorío de Cuzcatlán

Los pipiles son un grupo de pueblos nahuas que como se dijo anteriormente fueron los últimos pueblos nahuas en emigrar (alrededor del 1200),^[27]​^[28]​ asentándose principalmente en el occidente y centro del territorio.^[34]​ Su cultura era similar a la de otros pueblos del Centro de Mesoamérica.^[34]​

Los pipiles encabezaron varios altépetl (ciudades-estados en idioma nahuatl) en el territorio, que en total serían 72 para el momento de la conquista; siendo el de Cuzcatlán el que logró imponer su hegemonía, al unificar el territorio nahua para crear el Señorío de Cuzcatlán, sobreviviendo los altépetl sometidos, como provincias dependientes del gobernante de Cuzcatlán. Este señorío estaba organizado como una federación en donde cada una de las provincias tenían su propio gobierno y podían tener un nivel menor o mayor de autonomía. Entre los altépetl se destacaban los de Izalco (hoy Izalco y Caluco), Nonualco (hoy San Juan, Santiago y San Pedro Nonualco) y Coxutepeque; cuya población superaba los 10000 habitantes para el momento del contacto, con base en la Relación de Marroquin de 1532 y la Tasación de tributos de 1548, y que podrían ser cabeceras de su propio tlatohcayotl (agrupaciones de altépetl) que en un principio estarían aliados al de Cuzcatlán y que tendrían una mayor o menor autonomía con respecto a este.^[9]​^[34]​^[35]​^[36]​

Se considera al Señorío de Cuzcatlán como un Estado-nación debido a que con los datos aportados por fuentes históricas del siglo XVI (tales como: el conquistador Pedro de Alvarado, el oidor Diego García de Palacio y el obispo Francisco Marroquin) puede concluirse que el gobierno de Cuzcatlán tenía el suficiente poder sobre su nación para: reclutar individuos para la guerra o las obras públicas; imponer y cobrar impuestos; y decretar y hacer cumplir las leyes. Estos son tres criterios generalmente aceptados y usados para poder distinguir y definir a un estado-nación.^[9]​

Grupos mayenses

Durante el posclásico tardío, los mayas chortí —que habían ocupado desde mucho tiempo atrás la región al norte del río Lempa en partes del municipio de Metapán (Santa Ana) y el occidente y centro del departamento de Chalatenango— crearon el su propio señorío (al cual varios historiadores llamaron como Payaquí), que ocupaba también el departamento guatemalteco de Chiquimula y parte del suroccidente de Honduras; era como una confederación, es decir una entidad territorial donde el poder central tenía poco dominio sobre su territorio y las provincias que lo conformaban tenían un alto nivel de autonomía siendo prácticamente independientes y se unían principalmente en tiempos de crisis. Su capital probablemente era Copán (población que, a principios de la época colonial, fue dividida en las actuales Copán Ruinas y Santa Rosa de Copán; y que no debe confundirse con el sitio arqueológico del período clásico al que los mayas denominaban como Oxwitik).^[34]​

En el siglo XIII ocurrió la expansión de poblaciones mayas hablante de pocomam (cuyo idioma está emparentado con el poqomchí; siendo su lugar de origen el departamento guatemalteco de Verapaz), a los cuales los náhuas les permitieron asentarse en Atiquizaya, Chalchuapa y Ahuachapán (sobre está última el cronista Diego García de Palacio menciona que las mujeres hablaban Pocomam y los hombres el náhuat) para servir de amortiguador fronterizo.^[37]​^[35]​^[38]​

Xincas y Lencas

Los Xincas son una población de origen misterioso cuyo origen y parentesco con otras lenguas es un enigma, incluso algunos como Costenla Umaña o Luciano Castro consideran qué dicho grupo es parecido más al quechua que a otros idiomas mesoamericanos. Estudiosos como Eric S. Thompson basándose en la toponimia de las poblaciones salvadoreñas ubicadas en las costa propusieron que un principio los xincas se extendieron por la costa salvadoreña siendo posteriormente desplazados o asimilados a la población maya local (antes de la emigración de los nahuas), para el siglo XIII los nahuas les permitieron asentarse en la población actualmente extinta de Mopicalco (en base principalmente a la forma en que están distribuidas sus estructuras en las plazas del sitio, y a la cerámica recuperada en esa zona de San Francisco Menéndez). Entre los siglos XIV y XV el señorío de Cuzcatlán empezaría a extender su área de influencia a través de establecer relaciones comerciales con sus vecinos o permitiendo a grupos poblaciones emigrar a los territorio vecinos bajo el auspicio del señorío, tras esto las poblaciones xincas de Guatemala principalmente las ubicadas en las costa pacífica se encontraron bajo la esfera de la influencia de los nahuas.^[39]​^[38]​^[40]​^[41]​^[42]​^[43]​

Tras el colapso de Quelepa y otras poblaciones del período clásico, la zona oriental (habitadas por potones, cacaoperas y chorotegas) experimento una fragmentación política; tras lo cual entre los siglos XIII y XV los potones o lencas salvadoreños se unificaron formando su propio señorío (al que los pipiles llamaron Popocatepet; probablemente también formaban parte de tal los cacaoperas y chorotegas, se desconoce la situación política de estas dos poblaciones a la llegada de los españoles debido a la falta de documentación durante la conquista sobre el tema)^[33]​ que al igual que el señorío Chortí era como una confederación con un poder central limitado y provincias que tenían un alto nivel de autonomía prácticamente independientes que solo se unían en tiempos de crisis o de treguas que los lenca denominaban como Guancasco; su capital probablemente era Mercotiquen (población extinta ubicada al sur del departamento de La Unión cercano al golfo de Fonseca y que para 1548 tenía una población de 2000 habitantes lo que significa que para 1520 tenía una población de alrededor de 8000 habitantes, siendo una de las dos poblaciones en tener esa cantidad de habitantes mientras que el resto tenían menos de 1000 habitantes en 1548 lo que es igual a 4000 mil habitantes para 1520; la otra población con igual cantidad de habitantes era Usulután pero está probablemente era una colonia pipil o una población con gran influencia pipil tal y como su nombre indica ya que procede del náhuat o incluso su población pudo haberse incrementado debido a la traslación de indígenas de otras poblaciones hacia esa localidad debido a que era la población más cercana de la villa de San Miguel, cuando está se encontraba en su sitio original en el actual municipio de Santa Elena).^[34]​^[36]​

Organización política antes de la conquista

Antes y durante la conquista, el territorio que en el futuro sería El Salvador se encontraba dividido en 3 partes:

• Señorío Chortí (llamado por varios historiadores como payaqui; se extendió en partes del municipio de Metapán, gran parte del occidente y centro del departamento de Chalatenango, y formado también con el departamento guatemalteco de Chiquimula y parte del suroccidente de Honduras)
• Señorío de Cuzcatlán (Señorío nahua pipil; se extendió desde el río Paz hasta el Río Lempa con algunas excepciones en el recorrido de este último)
• Señorío Potón (denominado por los nahuas como Popocatepet; se extendió en toda la zona oriental, el departamento de Cabañas, y partes de los departamentos de Chalatenango y San Vicente)^[33]​^[34]​

En 1520 la población indígena del territorio se redujo en un 50% debido a una epidemia de viruela que afectó a toda el área mesoamericana. El 31 de mayo de 1522 el español Andrés Niño, a la cabeza de una expedición, desembarcó en la isla de Meanguera en el golfo de Fonseca; y posteriormente descubrió la bahía de Jiquilisco y la desembocadura del río Lempa. Descubriendo de esta manera el territorio salvadoreño.^[44]​

En junio de 1524, Pedro de Alvarado salió de la población de Iximché en el actual territorio de Guatemala para iniciar el proceso de conquista de Cuscatlán. Bajo su mando estaban unos 250 soldados españoles y unos 6,000 indígenas aliados, principalmente tlaxcaltecas. Luego de pasar por los poblados de Itzcuintepec, Atiepac, Tacuilula, Taxisco, Guazacapán, Chiquimulilla, Tzinacaután, Naucintlán y Paxco, llegó a las riberas occidentales del río Paz, y lo cruzó para internarse en los territorios nahuas.^[45]​

Luego de cruzar el río Paz e internarse en el actual territorio salvadoreño llegó a la población de Mopicalco (hoy extinta), que Alvarado encontró desierta, debido a que sus habitantes la habían abandonado luego de enterarse de los atropellos que había realizado al otro lado del río Paz. Luego continuó hasta la población de Acatepec que también había sido abandonada por sus habitantes.^[45]​

Alvarado continuó hacia el sur y llegó a la población de Acaxual (Acajutla); al continuar, se encontró a media legua del pueblo con el ejército nahua, entablándose una cruenta batalla. El mismo Alvarado fue alcanzado con una flecha en el fémur, quedando herido de gravedad.^[45]​

Luego de la batalla, Alvarado realizó un repliegue para curar a los heridos, permaneciendo unos cinco días en Acaxual. A pesar de la gravedad de su herida, que le obligaba a permanecer en la retaguardia, marchó contra el poblado de Tacuzcalco (hoy Nahulingo), que se encontraba situado al sur de la actual ciudad de Sonsonate; allí se entabló una desigual batalla con enormes pérdidas para el ejército nahua. Los españoles descansaron un par de días y continuaron hacia Miahuatán, que encontraron desierta.^[45]​

Al llegar a la población de Atehuan (actualmente Ateos, La Libertad) recibió mensajeros que traían una declaración de paz de los Señores de Cuscatlán; sin embargo Alvarado avanzó hacia la ciudad de Cuscatlán y encontrándola desierta. Parece ser que en julio de 1524, Alvarado regresó a Guatemala debido a las condiciones climatológicas.^[45]​

La historia de la expedición liderada por Pedro de Alvarado al territorio del Señorío de Cuzcatlán (descrita anteriormente) fue narrada por el mismo Pedro de Alvarado en su Segunda Carta de Relación enviada a Hernán Cortés. Además de este documento existen otros como: el Lienzo de Tlaxcala y la Brevísima relación de la destrucción de las Indias. En el Lienzo de Tlaxcala, los indígenas tlaxcaltecas que acompañaron al ejército de Pedro de Alvarado narran además dentro de la campaña conquistadora del conquistador otras batallas ocurridas dentro del territorio actual de El Salvador las cuales son: las batallas de Cenzonapan (el mismo lugar donde posteriormente se fundaría Sonsonate), Tecpan Izalco, Yopicalco (Opico) y Xilopango (Ilopango).^[45]​ En cambio la Brevísima relación de la destrucción de las Indias (escrita por Fray Bartolomé de las Casas) narra una versión más conquistadora por parte de los españoles que pacífica.^[46]​

A finales de 1524 o principios de 1525 Pedrarias Dávila (conquistador de Panamá y Nicaragua) envió a Francisco Hernández de Córdoba a Honduras y este a su vez envió a Hernando de Soto hacia Olancho pasando por Nequepio (nombre con el que los indígenas Chorotegas conocían al Señorío de Cuzcatlán),^[47]​ ante esto Pedro de Alvarado envió a un grupo de hombres liderados por Gonzalo de Alvarado para fundar la villa de San Salvador; la villa de San Salvador fue fundada por Diego de Holguin y Gonzalo de Alvarado el 1 de abril de 1525 en un lugar desconocido. En 1526 estalló una sublevación indígena que obligó a abandonar la villa.^[34]​

Entre diciembre de 1527 a febrero de 1528 Diego de Alvarado fue enviado a conquistar el Señorío de Cuzcatlán, lo cual logró, posteriormente la villa de San Salvador fue refundada por Diego de Alvarado en el sitio conocido como Ciudad Vieja, en el valle de la Bermuda, a 8 kilómetros al sur de la actual Suchitoto. Para 1528 se estima un aproximado de 90 pueblos conquistados y repartidos entre los españoles.^[48]​ Desde 1529 a 1540 Luis de Moscoso, Diego de Rojas, Pedro de Portocarrero, entre otros capitanes del ejército de Pedro de Alvarado, prosiguen y ponen fin a la conquista y pacificación de El Salvador.^[34]​

En 1530, una expedición al mando del capitán Luis de Moscoso termina la conquista de la zona oriental y fundó la villa de San Miguel de la Frontera. En 1530 Hernando de Chávez y Pedro Amalín (enviados por Pedro de Alvarado) conquistan el Reino Payaquí y derrotan a Copán Galel en Cítala.^[34]​ En 1537 es vencido Lémpira (líder de una resistencia lenca) en Honduras. Para 1540 el área del actual El Salvador estaba prácticamente pacificada, quedando el actual territorio salvadoreño plenamente controlado por los españoles.^[49]​

• Pedro de Alvarado (realizó infructuosamente el primer intento de conquista en 1524.)
• Gonzalo de Alvarado (Fundador de la Villa de San Salvador en 1525.)
• Diego de Alvarado (Fundó por segunda vez la villa de San Salvador y a su vez empezó la conquista definitiva en 1528.)^[50]​
• Diego de Rojas (Inició la conquista del señorío lenca en 1529 siendo luego capturado por Martín Estete para luego ser liberado. En 1532, junto con Pedro Portocarrero, pacificó la Costa del Bálsamo.)
• Luis de Moscoso (derrotó a Martín Estete y fundó la villa de San Miguel de la frontera a principios de 1530)
• Hernando de Chávez y Pedro Amalín (Vencieron a Copán Galel y conquistaron el Reino Payaquí en 1530.)^[34]​
• Cristóbal de la Cueva (Fundó por segunda vez la villa de San Miguel en 1535 tras haber sido abandonada en 1534; terminó la conquista del señorío lenca.)^[51]​

La conquista del territorio significó el fin de una época de poblamiento indígena que había durado varios milenios. Con ello el territorio, actualmente salvadoreño, fue incorporado al Imperio español; pasando a formar parte del Reino de Guatemala (conocido comúnmente como la Capitanía General de Guatemala), que para su administración el monarca nombraba a los magistrados de la Real Audiencia de Guatemala (cuyo presidente, con el pasar del tiempo obtendría los títulos de gobernador y capitán general) y que dependía administrativamente del virrey de la Nueva España.^[9]​

En los años que siguieron a la conquista, se haría un gran esfuerzo para inculcar la cultura y la religión de los conquistadores a los indígenas; destacandose en ello las órdenes religiosas, en especial los franciscanos y dominicos, que además de destacarse en la evangelización, entre ellos habrían quienes serían defensores de los indígenas ante los abusos de las autoridades.^[9]​^[52]​

Como el territorio salvadoreño carecía de riquezas minerales importantes, la agricultura se transformó en la base de las actividades económicas; asimismo, desde los años de la conquista, los españoles buscarían introducir animales y cultivos europeos. Entre 1550 y 1600, las dos actividades principales fueron el cultivo del cacao, realizado principalmente en la región de Izalco en el actual departamento de Sonsonate; y la extracción de la resina del árbol de bálsamo en la región costera. En el siglo XVII, la siembra del cacao decayó, y fue sustituido por el cultivo del jiquilite, la planta que sirve de base para la elaboración del colorante del añil.^[9]​

Debido a una Real orden de 1563 se prohibiría a los hacendados añileros que utilizaran a los indígenas en los obrajes donde se producía la tinta, debido a lo cual se multaría a toda aquel que se descubriese realizando dicha acción; dicha prohibición se mantendría hasta que fue revocado por la Corona en la Real Cédula del 22 de abril de 1738.^[53]​

Luego de la conquista, se establecería el sistema de la encomienda, que sería la recompensa que recibiría cada conquistador por su servicio a la Corona;^[9]​ y que consistía en la asignación de uno o varios pueblos, que debían pagarle al encomendero un tributo en productos o trabajo. Este sistema se prestó para muchos abusos en contra de los aborígenes, incluyendo la esclavitud de los nativos. Para el año de 1550, según la tasación de tributos del presidente de la Real Audiencia de Guatemala Alonso López de Cerrato, había un total de 168 pueblos (los cuales tenían una población total de 17,500 personas) repartidas entre los españoles con este sistema.^[48]​^[52]​

En 1542, con las llamadas Leyes Nuevas, la Corona española prohibiría la esclavitud de los indígenas; reconocería a los líderes indígenas (que los españoles llamarían caciques) y a los principales de los nativos, permitiéndoles constituir sus propios cabildos (con dos alcaldes y varios regidores) en su respectivo pueblo y tener sus propias tierras (las tierras comunales, con porciones que los principales repartirían al resto de la población nativa), con lo que se establecerían los llamados pueblos de indios; además, se establecería la caducidad de las encomiendas, generalmente después de un período de dos vidas (es decir, después de la muerte de la primera generación de descendientes del encomendero), que los indígenas pagasen un tributo directo al Rey (únicamente los principales estarían exentos de tributos; por lo que a los demás, los indígenas del común, se les conocería como tributarios), y que los encomenderos recibiesen lo equivalente en moneda a la cantidad cosechada por los indígenas que se había acordado en su nombramiento como encomendero.^[48]​^[52]​

A partir de mediados del siglo XVI, se establecería la figura del repartimiento, con el que se obligaría a los indígenas tributarios a laborar en las haciendas, minas, talleres o en obras públicas; este sistema sería legalizado por la Real Cédula del 21 de abril de 1574, y en 1628 el presidente-gobernador y Capitán general de Guatemala Diego de Acuña buscaría normarlo con sus Ordenanzas. Con ello, los principales tenían que asegurarse que los tributarios asistiesen, en tandas semanales por cuatro partes, cada domingo a la plaza de la ciudad (siendo castigados si se descubría que no los hacían), desde donde serían llevados a los sitios que serían destinados durante una semana, por lo cual se le pagaría uno o dos reales por esa tiempo. En 1661, un memorial de los indígenas de Ahuachapán denunciando que se les pagaba con moneda desgastada (en ese entonces todavía no había casa de la moneda en Guatemala) causaría una crisis que casi acaba con este sistema; sin embargo, se mantendría. Para el siglo XVIII, según el obispo Pedro Cortés y Larraz, el sistema de repartición se había modificado, siendo los indígenas enviados en las temporadas que necesitaba el hacendado (es decir en aquellas de siembra y cosecha, lo que perjudicaba a los indígenas a la hora de cultivar sus tierras comunales); y para evitar ser repartidos, los tributarios se fugaban del pueblo y hacían sus casas en zonas aisladas (lo que era ilegal, ya que les era prohibido a los indígenas vivir fuera o mudarse de su pueblo natal), formando rancherías que eran llamadas pajuides. Esta modalidad de reparto por temporadas persistiría incluso después de la independencia, con la diferencia de que se impulsaría a los indígenas a residir en las ranchería de las haciendas y los principales ya no se verían exentos.^[52]​^[53]​

El idioma legal y religioso del Reino de Guatemala era el español; pese a ello, tanto en las provincias de San Salvador como de Sonsonate, aún en 1772 se catalogaban 64 pueblos de indios en los que se hablaba el nahuat-pipil; 10 de lenguaje lenca; 5 de habla náhuatl; uno de chilanga; 2 de cacaopera/matagalpa; 6 de chortí, y 1 de pocomán. Ya para entonces, además, se contaban 23 pueblos de indios castellanizados, esto es, en los cuales se hablaba el español.^[54]​

Con los conquistadores llegaron los primeros esclavos africanos, pero sería con las leyes nuevas, al prohibir la esclavitud de los nativos, que se intensificaría la traída de africanos para ser esclavizados. Estos esclavos provenían de la costa occidental del centro de África, lo que ahora son los países de: Senegal, Gambia, Guinea-Bisáu (estos tres países corresponden a la zona conocida como Senegambia), Guinea, Sierra Leona, Liberia, Ghana, Togo, Costa de Marfil, Benín (al territorio de estos países se les conocía en conjunto en el siglo XVIII como Alto Guinea o Barlovento), Nigeria, Camerún, Guinea Ecuatorial, Congo (en estos 5 países se encontraban las culturas bantú y dahomeyana, y donde también llegaban esclavos de Mozambique) y Angola.^[55]​^[56]​

A los esclavos recién llegados se les llamaría bozales; a los que ya estaban aculturizados se les llamaría ladinos; a los rebeldes que huían de sus amos, cimarrones; y a los que lograban comprar su libertad, libres (quienes para la segunda mitad del siglo XVII laboraban como empleados, oficiales de artesanía o eran pequeños agricultores, arrendatarios e incluso propietarios de modestas parcelas).^[57]​^[52]​

La rebelión de esclavos africanos más destacada en el territorio ocurriría en la Alcaldía mayor de San Salvador entre noviembre y diciembre de 1624, cuando ejercía como alcalde mayor Pedro de Aguilar Lazo de la Vega; la sofocación de la rebelión estuvo a cargo del capitán Juan Ruiz de Villela, el cual logró con éxito su cometido con un ejército conformado por contingentes de indígenas y soldados ladinos; los rebeldes capturados serían ejecutados en San Salvador en 1625.^[9]​^[58]​

En el siglo XVII, debido a las rebeliones y al repartimiento de los indígenas, la real audiencia guatemalteca pediría que no se enviasen más bozales. Con ello, a partir de mediados de ese siglo, la esclavitud tendería a volverse más atenuada, los esclavos (que vendrían a ser mayoritariamente mulatos, algunos incluso con piel blanca que también eran conocidos como mulatos de piel loro)^[59]​ serían vistos como posesiones valiosas y como gente de confianza, llegando incluso a ser capataces de los indígenas y en algunos casos se adueñarían de tierras realengas y exigirían servicio de repartimiento de los indígenas (tal y como se observa en uno de los denunciados por los indígenas de Ahuachapán en 1661).^[52]​

Durante el período colonial, se produjo un proceso de mestizaje entre indígenas, afrodescendientes y españoles. Si bien se buscaría en principio clasificar a todas las mezclas que se estaban dando a través del sistema de castas (estando en la base de ese sistema las siguientes: mestizo, hijo de español e indígena; mulato, hijo de español y africano; y zambo, hijo de indígena y africano); al final resultaría imposible clasificarlas a todas, por lo que para agruparlos se ocuparía la palabra ladino (que incluiría también a los españoles pobres, esclavos libres, e indígenas huidos de sus pueblos).^[9]​^[52]​

Al principio, los ladinos residían principalmente en rancherías (al margen de la ley) en las haciendas donde laboraban o en las villas o ciudades (donde ejercían distintos oficios); pero paulatinamente su presencia iría incrementandose en los pueblos donde tendrían sus propias terrenos (que obtenían al comprar o alquilar tierras a los indígenas, o en ocasiones al usurpar aquellas tierras realengas o de los nativos que no estaban en uso) para cultivo o crianza de ganado, y para el momento de la independencia constituían la mayor parte de la población del territorio.^[9]​^[52]​

La sociedad colonial salvadoreña estaba fuertemente segmentada. Si bien existía el concepto de que la posición que una persona ocupaba en la escala social estaba basada en la pertenencia a un grupo étnico determinado (español, indígena, africano, o ladino), como es el caso que entre más sangre española se tenía se contaba con una mejor posición social (por lo cual, los españoles peninsulares, nacidos en la península ibérica, ocupaban las posiciones con más privilegio, siendo los que generalmente ocupaban los puestos más altos del gobierno colonial); también había una fuerte diferenciación de clases por su nivel económico: habiendo también españoles (precisamente criollos, nacidos en América) pobres en los pueblos; indígenas (específicamente los principales, quienes generalmente eran los que se repartían los puestos en el cabildo de su pueblo) que eran ricos y podían tener una educación formal en las universidades; afrodescendientes libres que sobresalían en la milicia; así como ladinos que se destacaban en el gremio de artesanos o en otros oficios (en las villas o ciudades) o en la producción de sus propios terrenos (en el área rural), por lo que tenían una buena posición social.^[9]​^[52]​

En el siglo XVI, el corsario inglés Sir Francis Drake provocaría dos veces alarma en las autoridades ante el temor de una incursión el Puerto de Acajutla (en ambos casos se buscó conformar una fuerza militar considerable en ese puerto, de hombres armados y enviados por los encomenderos, ya que no había un ejército permanente); la primera a inicios de abril de 1579 (cuando se diviso sus embarcaciones en el Golfo de Fonseca) y la otra en 1586 en el puerto de Acajutla), en esta última en realidad se trataba del también corsario inglés Thomas Cavendish; en ambos casos no hubo ningún desembarco en el puerto.^[34]​

Sería en el siglo XVII cuando se darían incursiones de corsarios y piratas en la costa salvadoreña, que en algunos casos asolaron algunos pueblos provocando su abandono. Una de ellas, fue la incursión de un grupo de bucaneros (piratas francéses) liderado por Edward Davis y Thomas Eaton, en la que se encontraba como marinero el escritor e investigador William Dampier, que anclaría en el Golfo de Fonseca en julio de 1684 y que atacaría las islas de Petronila (actual Meanguera) y Conchagua (actual Conchagüita), causando que los pueblos de Santa María Magdalena (en Meanguera), Santiago de Conchagua y Santa Ana de la Teca (estas dos ubicadas en la isla de Conchagua) fuesen abandonadas y que todos su habitantes huyeran al tener aviso del ataque inminente; a raíz de esa incursión, el golfo se convertiría en una zona de piratas hasta que a mediados de 1688 los galeones artillados San José y San Francisco de Paula (dirigidos por el capitán Dionisio López de Artunduaga, y que formaban parte de la compañía de Nuestra Señora de Guía de la armada del Mar del Sur) lograría desalojar a los piratas, quienes partirían a pie hacia el mar Caribe.^[60]​^[61]​

La Nueva España (1535-1821) era el virreinato español que se extendía desde el Oeste de los Estados Unidos hasta Costa Rica en Centroamérica, teniendo su capital en la Ciudad de México. De este virreinato dependía la Capitanía General de Guatemala (comprendida por los actuales territorios de Guatemala, Costa Rica, El Salvador, Honduras y Nicaragua).^[62]​

Desde 1540 hasta 1580 el territorio que en el futuro sería El Salvador, estaba dividido de esta forma:

• Provincia de los Izalcos; cubría los actuales departamentos de Sonsonate y Ahuachapán; dicha región le fue quitada a los conquistadores de San Salvador en 1529 y sus poblaciones dadas en encomienda a vecinos de Santiago de Guatemala; a principios de la década de 1540, se crearía el puesto de alcalde mayor del puerto de Acajutla, siendo el primero Francisco de La Cueva; posteriormente su jurisdicción se ampliaría a toda la provincia; a partir de 1556, Sonsonate se convertiría en su nueva capital, por lo que a partir de entonces sería conocida como Alcaldía mayor de Sonsonate, estando como alcalde mayor en ese momento Alonso de Paz.^[63]​
• Provincia de San Salvador; abarcaba toda la zona central y el Departamento de Santa Ana, su origen se remonta a la fundación de la villa de San Salvador en 1528, sus gobernantes llevaban el título de Justicia Mayor o Teniente de Gobernador, siendo el primero Diego de Alvarado.
• Provincia de San Miguel; se extendía en toda la zona oriental; su origen se remontan a la fundación de la villa de San Miguel en 1530 siendo Luis de Moscoso su primer Justicia Mayor o Teniente de Gobernador.^[62]​^[64]​

Desde 1534 cuando Pedro de Alvarado partió hacia Perú, las provincias de San Salvador y San Miguel (esta última sería deshabitada en 1534 debido a que muchos de sus pobladores partieron en el viaje de Pedro de Alvarado hacia la actual Perú, siendo posteriormente refundada por el capitán Cristóbal de la Cueva en 1535) serían gobernadas por sus alcaldes ordinarios.^[64]​

En 1560 el rey de España Felipe II se dio por enterado de que había un corregidor en Usulután el cual había extendido su jurisdicción a la Provincia de San Miguel y que los alcaldes mayores de Sonsonate se habían añadido la Provincia de San Salvador debido a la falta en ambas de justicia mayor y teniente de gobernador; por tal motivo Felipe II ordenó que tanto San Salvador y San Miguel se siguiesen gobernando por medio de sus alcaldes ordinarios. Posteriormente, en 1575 aparece un corregidor en Tecoluca, este cargo y el de corregidor de Usulután no tuvieron continuidad.^[64]​

En 1578 se le dio el rango de Alcaldía Mayor a la Provincia de San Salvador y se nombró como alcalde Mayor interino a Diego Galán, el cual desempeñó ese cargo hasta 1580 cuando se lo entregó a Juan Cisneros de Reynosa, este a su vez entregó el mando en 1581 a Alonso de Nava (que había sido nombrado alcalde mayor por el rey Felipe II). En el mismo año de 1580 se incorporó la Provincia de San Miguel a la de San Salvador, quedando el territorio que conformaría a El Salvador dividido únicamente en la Alcaldía Mayor de Sonsonate (conformado por el territorio antedicho) y la Alcaldía Mayor de San Salvador.^[64]​^[62]​

Entre 1556 y 1785, un total de 82 personas ocuparon el cargo de alcalde mayor de Sonsonate; y de 1578 a 1786, 56 personas ejercieron como alcaldes mayores de San Salvador.^[63]​^[65]​ Muchos de ellos, a lo largo de la época colonial, buscarían durante su mandato aumentar sus ganancias, ya sea prestándole dinero (como anticipo) a los indígenas para que les pagasen en especies que ellos cultivarían (lo que era conocido como frutos de arras, entre los cuales estaba el cacao y el algodón; incluyendose en este último también la elaboración del hilo por las mujeres nativas) para que después el funcionario obtuviese beneficios al venderlos en la cabecera de la jurisdicción y/o recibiendo sobornos por la administración de justicia, dadivas, obsequios o realizando otros negocios (venta de ganado, brea, etc); la excepción de ello, serían aquellos pocos que buscarían realizar honestamente su labor.^[63]​^[52]​

Los primeros alcaldes mayores de Sonsonate, así como sus predecesores que tenían su sede en Acajutla, fueron designados por la Real Audiencia de Guatemala, y ejercían el cargo de 1 a 2 años. En el año de 1562 sería designado Francisco de Ovalle, quien sería el único que sería nombrado con título de corregidor.^[63]​

Desde 1563 el rey se haría cargo de nombrar los alcaldes mayores de Sonsonate, y en caso de ausencia del designado por el monarca sería la real audiencia la encargada de nombrar un interino para el cargo. El primer alcalde mayor de Sonsonate nombrado por el rey fue Francisco de Magaña, quien ejerció de 1564 a 1568.^[63]​

Magaña sería sustituido por Pedro Xuárez de Toledo, también de designación real, que sería destituido por el Santo oficio de la inquisición, apresado y conducido a México, pero lograría escaparse y refugiarse en un convento donde fallecería. Su caso sería llevado al auto de fe de febrero de 1574, donde se declararía que eran injustos los cargos por los que se le había condenado.^[63]​ Este fue uno de los tres casos ventilados por el Santo Oficio que terminaron en un auto de fe, siendo los otros casos el del marinero protestante irlandés William Corniels (que vivía como el barbero cirujano Juan Martínez) y el del comerciante judío-portugués Marcos Antonio Rodríguez; el primero sería juzgado y condenado a muerte en 1575, y el segundo sería condenado a cárcel perpetua pero sería liberado por un edicto del rey Felipe III en 1605.^[63]​

En 1581, Alonso de Nava sería el primer alcalde mayor de San Salvador nombrado por el rey español; en 1585 sería sustituido por el capitán Lucas Pinto, quien sería el primero cuya jurisdicción abarcaría también la provincia de Choluteca (actuales departamentos hondureños del Valle y Choluteca), dicha provincia permanecería en territorio de esa alcaldía mayor hasta principios del siglo XVII. Asimismo, en esa década ocuparía el cargo de alcalde mayor de Sonsonate Juan de Mestanza y Ribera, quien era amigo del escritor Miguel de Cervantes Saavedra, quien lo menciona en algunos de sus escritos.^[65]​^[63]​

Durante el siglo XVI la alcaldía mayor sonsonateca vivió una bonanza económica debido al cultivo y comercio del cacao; pero en el siglo XVII, debido a la decadencia de los cacaotales, la reducción de la mano de obra indígena (debido a las enfermedades), y a las restricciones de comerciar ciertos productos provenientes de otros territorios españoles (como el vino del Perú), se disminuiría la cantidad de barcos que llegaban al puerto de Acajutla, lo que ocasionaría una fuerte reducción económica que provocaría la emigración de varios habitantes a otras territorios y que aumentase el contrabando de esos productos prohibidos.^[66]​ Mientras que la alcaldía mayor de San Salvador se convertiría en uno de los principales motores económicos de la Capitanía General de Guatemala, gracias al cultivo y comercio de añil, y en menor medida por el bálsamo.^[66]​

En el año 1611 empieza a gobernar el presidente, gobernador y capitán general de Guatemala Antonio Peraza Ayala de Castilla y Rojas, conde de La Gomera; quien sería el primer gobernante del reino guatemalteco de origen noble y a quien se le confirió la potestad de conferir títulos militares a los gobernantes de las provincias. Por lo que a partir de entonces los alcaldes mayores recibirían también el título de teniente de capitán general, siendo el primero en Sonsonate Pedro de  Paz y Quiñones, y en San Salvador Pedro de Aguilar Lazo de la Vega.^[66]​^[65]​

En 1636, durante el mandato en San Salvador de Juan Sarmiento de Valderrama, se fundaría la villa de San Vicente, que más tarde también sería sede de su propia provincia (siempre dentro de la alcaldía mayor) que abarcaría la actual zona paracentral.^[65]​

Entre los siglos XVI y XVII, varios alcaldes mayores se destacarían principalmente por la lucha contra la piratería, ya sea en su territorio o en brindar ayuda a otras provincias que tuvieran ese problema. Debido a esa problemática, los alcaldes mayores de esos siglos provendrían del ejército o marina española.^[66]​

Algunos alcaldes mayores serían destituidos por acusaciones de malos manejos de la administración o por problemas con la real hacienda. Ese sería el caso en San Salvador de: Pedro Farfán de los Godos, en 1619; Juan de Miranda, en 1680; Francisco Chacón Medina y Salazar, en 1708; y Bernabé de la Torre Trasierra, en 1759.^[65]​

En el año de 1698 (y hasta su fallecimiento al siguiente año), ocuparía el cargo de alcalde mayor de Sonsonate Francisco Antonio de Fuentes y Guzmán; quien escribiría una obra sobre la historia y situación de la Guatemala de ese entonces, que es llamada comúnmente como Recordación Florida.^[66]​ Asimismo, en 1699 llegaría al poder en San Salvador Bartolomé Gálvez Corral, quien se retiraría del cargo por motivos de salud en 1703, y que sería el padre de los también alcaldes mayores de esa jurisdicción: Cristóbal (de 1734 a 1737, y de 1765 a 1766) y Manuel (de 1737 a 1740; y quien sería el autor de una obra sobre la situación en que se encontraba ese territorio en ese momento).^[65]​

En 1722 comenzaría a gobernar en Sonsonate, Francisco Antonio Carrandi y Menán, quien se encargaría de atender a las poblaciones afectadas por la erupción del volcán de Santa Ana de ese año, de reparar el puente sobre el río Grande, de arreglar varias parroquias, construir el primer acueducto y pilas públicas en Ahuachapán, reparar el hospital de la orden de San Juan de Dios, mejorar la agricultura en ese territorio, entre otras cosas. Permanecería en ese cargo hasta 1733, cuando fue removido por una real cédula.^[66]​

Entre 1757 y 1764 gobernó en Sonsonate Bernardo de Veirá, quien se destacó entre otras cosas por la opulenta celebración que realizó debido al ascenso del rey Carlos III; dicha celebración iniciaría el 26 de enero de 1761 y se prolongaría por 16 días, siendo la primera ocasión que se menciona el consumo de café, bebida y cultivo que será muy importante en el futuro de la historia de El Salvador.^[66]​

Luego de la destitución en San Salvador de Bernabé de la Torre Trasierra, y mientras continuaba su juicio se sucedieron varios alcaldes mayores interinos, siendo el último de ellos Manuel Fradique y Goyena, quien fue nombrado en 1766 para suceder y completar el período para el que había sido designado su suegro Cristóbal de Gálvez Corral.^[67]​ En 1771 sería restituido Bernabé de la Torre, pero fallecería 2 años más tarde. En 1777 sería nuevamente nombrado Manuel Fadrique, durante este nuevo período se encargaría de promover el cultivo de maíz, limpiar la ciudad de ladrones, empedrar las calles y arreglar las calles de la capital, Santa Ana, Zacatecoluca, San Miguel y San Vicente, entre otras cosas. Goyena se mantendría en el cargo hasta 1786, siendo el último alcalde mayor de San Salvador.^[67]​^[68]​ Durante ese tiempo ejercieron en Sonsonate, Manuel García de Villalpando (de 1777 a 1785) y Antonio López Peñalver y Acalá (de 1785 a 1794).^[69]​

En el año de 1700 con la llegada al trono español de Felipe V se inauguró la dinastía de los Borbones. Los reyes pertenecientes a esta nueva familia real, incluyendo Felipe V, implementaron durante el siglo XVII una serie de reformas económicas y administrativas en las colonias. Estas reformas cobraron mayor vigor en 1759 con la coronación de Carlos III y comenzaron a implementarse en toda la Capitanía General de Guatemala desde 1765 con la llegada a Guatemala del capitán general Pedro de Salazar Herrera.^[9]​

Con la implementación de las reformas Borbónicas en el territorio salvadoreño se redujeron los impuestos de alcabala, se mejora el sistema de cobrar impuestos y se establecieron monopolios o estancos; con esto se pretendía que los comerciantes no evadieran los impuestos, lo cual tuvo cierto éxito pero los comerciantes idearon nuevas maneras de evadir los impuestos por los cual las autoridades coloniales debían estar siempre atentas.^[9]​

El gobierno español con las nuevas reformas redujeron el poder eclesiástico a través de ataques a la propiedad y a los privilegios de la iglesia. Y apoyaron parcialmente a los productores del territorio salvadoreños.^[9]​

En 1785 como parte de las reformas llevadas a cabo por la dinastía de los Borbones, se creó la Intendencia de San Salvador (la cual abarcaba el territorio de la Alcaldía Mayor de San Salvador), los intendentes eran seleccionados por sus méritos y su fidelidad al rey; y debían ejercer un control más directo y efectivo que los alcaldes mayores. Siendo seleccionado como primer intendente de San Salvador José Ortiz de la Peña, el cual ejerció ese cargo hasta 1789 cuando fue sustituido por Francisco Luis Héctor de Carondelet.^[9]​

La Intendencia de San Salvador junto con la Alcaldía Mayor de Sonsonate (cuyos gobernantes, a partir de las reformas borbónicas recibirían además el título de subdelegado de la Real Hacienda) comprendían el actual territorio de El Salvador. Está Alcaldía Mayor continuaría su existencia hasta poco después de la independencia cuando se uniría a San Salvador. Ambas divisiones administrativas del Imperio español dependían de la Capitanía General de Guatemala y ésta a su vez del Virreinato de Nueva España^[9]​

Como se mencionó, el primer intendente de San Salvador fue José Ortiz de la Peña quién se encargó de organizar el territorio y que en 1786 designó al agrimensor real Francisco José Vallejo para fundar una nueva población que sería San José Guayabal. En 1789 llegaría como intendente Francisco Luis Héctor de Carondelet, quien se encargaría de darle estabilidad al territorio, perseguir el contrabando en las costas, combatir la piratería (armando los puertos y lugares estratégicos), tratar de reorganizar las milicias, liberar a la agricultura de trabas judiciales, introducir al gusano de seda, solicitar que se levantará el estanco de tabacos, y reorganizar la Junta de cosecheros de añil en forma de banco hipotecario, establecer la junta de vacuna, disponer principios de población, proteger a los consumidores, regular los pesos y medidas usados por los vendedores, tratar de regular las venta de tierras de realengas,  establecer escuelas primarias y de artesanías, y además que fundaría la población de Dulce Nombre de María.^[67]​^[9]​

Tanto de la Peña como Carondelet fueron intendentes gobernadores, pero a partir de José Antonio María de Aguilar (quien gobernaría de manera interina, al ser el asesor letrado, luego que Carondelet fuese nombrado gobernador de Luisiana en 1791) el título sería el de intendente corregidor. En 1793 tomaría el cargo Ignacio Santiago Ulloa, quien gobernaría hasta su fallecimiento el 1 de enero de 1798; luego de lo que, y hasta 1804, se sucedieron varios gobiernos interinos (entre ellos algunos alcaldes de San Salvador), entre los cuales estaban: Bernardo José de Arce (padre del independentista Manuel José Arce, y uno de los participantes del movimiento independentista de 1811), José Rosi (quien sería comandante de las milicias de San Salvador desde 1806 a 1821) y Buenaventura de Viteri (padre del primer obispo de San Salvador Jorge Viteri y Ungo).^[67]​

En la alcaldía mayor de Sonsonate, fungiría como alcalde mayor, desde 1784 a 1794, Antonio López Peñalver y Alcalá; quien intentaría impulsar la minería, renovaría todos los jueces locales, haría nuevas medidas estrictas para de esa forma cultivar nuevas tierras y reducir el desempleo, fundaría nuevas escuelas indígenas, mandaría a reparar los caminos, iniciaría obras de distribución de aguas en Ahuachapán, haría limpiar y desarrollar los cultivos de cacao abandonados asegurándose de que los indígenas pudieran también encargarse de sus propios cultivos, introduciría el añil y el algodón sin desatender al trigo, construiría nuevas bodegas en el puerto de Acajutla y un sistema de abastecimiento de agua dulce.^[70]​

Luego de Peñalver, y después de estar de interino Agustín Gutiérrez y Lizaurzábal, llegaría como alcalde mayor de Sonsonate Manuel Cotón en 1795; quien el 30 de julio de ese año emitiría un bando en el que prohibiría que los mulatos, afrodescendientes o mestizos comprasen y revendiesen maíz, gallinas, pescado fresco, conejo, frutas, legumbres, etc dentro de la villa sonsonateca y cinco leguas a la redonda. En 1802, Cotón sería destituido por el presidente-gobernador y capitán general de Guatemala Antonio González Saravia por haber decomisado los 10.000 pesos de harina que el comerciante José de Irisarri iba a embarcar en la fragata norteamericana "Diana"; entre ese año y 1810 se sucederían varios alcaldes mayores interinos.^[71]​^[72]​^[73]​

En 1804 llegaría como intendente de San Salvador Antonio Gutiérrez y Ulloa, quien escribiría el libro Estado general de la Provincia de San Salvador, donde narra la situación en que se encontraban las poblaciones que formaban parte de la intendencia; y que sería destituido por el primer movimiento independentista de 1811, siendo reemplazado por José Mariano Batres y Asturias, quien fungiría hasta el 3 de diciembre de ese año, siendo sustituido por José Alejandro de Aycinena (enviado desde el ayuntamiento de Guatemala). Aycinena sería electo consejero de Estado y partiría a España en 1812; dejando en su lugar a José María Peinado, que haría frente al segundo movimiento independentista de 1814, poco después sería destituido, sería restituido en 1818, y fallecería en el cargo en 1819 siendo sustituido por Pedro Barriere.^[67]​

En 1810 llegó como alcalde mayor de Sonsonate Mariano Bujons, que se puso del lado del gobierno guatemalteco durante el primer movimiento independentista de 1811, estando dispuesto a enviar tropas a esa zona, pero esto al final no fue necesario. Bujons ocuparía ese cargo hasta 1818, siendo sustituido por José Manuel Nájera y Batres.^[71]​^[74]​

Desde las últimas décadas del siglo XVIII, en diversas regiones de América Latina, tuvieron lugar varias rebeliones en contra del dominio español, algunas más exitosas que otras. En Centroamérica, el sentimiento de independencia comenzó a crecer entre los criollos, que influidos por las ideas liberales de la Ilustración, veían en el proceso de independencia de los Estados Unidos y en la Revolución francesa un ejemplo a seguir. Se sabe que líderes del movimiento independentista centroamericano como José Matías Delgado, José Simeón Cañas y José Cecilio del Valle, eran conocedores de las ideas de libertad individual e igualdad ante la ley propugnadas por la Ilustración.^[75]​^[76]​

En la primera década del siglo XIX, las autoridades coloniales españolas realizaron una serie de medidas fiscales y económicas impopulares, como el aumento de tributos y la consolidación de deudas estatales, para financiar las guerras europeas de la Corona española. Estas medidas acrecentaron el sentimiento de independencia entre los criollos.^[75]​

Los historiadores consideran que el fenómeno que sirvió como detonante al proceso de independencia de Centroamérica, fue la Invasión Napoleónica a España en 1808 que significó el colapso temporal de la autoridad real.^[75]​

En el período de 1808 a 1814, se produjeron varios importantes alzamientos en el territorio de la Intendencia de San Salvador:^[77]​^[78]​^[75]​^[76]​

• El Alzamiento del 5 de noviembre de 1811. Fue vencido en diciembre de 1811. Conocido como el Primer Grito de Independencia; inició en San Salvador, impulsado por el encarcelamiento en Guatemala de Manuel Aguilar, el llamado a comparecer a esa de ciudad del presbítero Nicolás Aguilar, y el rumor de un intento de asesinato del presbítero José Matías Delgado, y fue encabezado por Bernardo José de Arce (que era acompañado por su hijo Manuel José Arce, y su hermano el presbítero Juan José), Manuel de Morales, José María Villaseñor (hijastro del anterior), y los hermanos Leandro y Mariano Fagoaga. Se extendió en los días siguientes del mes de noviembre a las ciudades de Santiago Nonualco, Usulután, Chalatenango, Santa Ana, Tejutla y Cojutepeque. Hubo 2 alzamientos relacionados con este, que adquirieron relevancia, el del 20 de diciembre de 1811, ocurrido en Sensuntepeque, y el del 24 de noviembre de 1811, ocurrido en la ciudad de Metapán.

• El Alzamiento de 24 de enero de 1814, ocurrido en San Salvador, tuvo entre sus principales protagonistas a Juan Manuel Rodríguez, Pedro Pablo Castillo (alcalde de primer y segundo voto de San Salvador), Domingo Antonio de Lara, Manuel José Arce, Miguel Delgado, Juan Aranzamendi, el doctor Santiago José Celis, y los presbíteros hermanos Aguilar; no tuvo éxito y la mayoría de los líderes independentistas fueron arrestados; siendo uno de ellos, Santiago José Celís, asesinado en la cárcel. En este movimiento hubo una amplia participación popular.^[78]​^[77]​^[76]​

A la par de ello, la Junta Suprema Central (que tomó el poder en España como reacción a la ocupación francesa) en 1809 mandó a realizar un sorteo para designar a un representante a la junta por cada real audiencia, cada ayuntamiento de españoles (que en el caso del actual territorio salvadoreño eran: Sonsonate, San Salvador, San Vicente, San Miguel y Santa Ana; está última desde 1806) eligiría a una persona que participaría ese ese sorteo. El ayuntamiento de Sonsonate elegiría primeramente a Alejandro Ramírez y luego al Deán Isidro Sicilla; el de Santa Ana a Domingo Figueroa; el de San Vicente primeramente a José Cecilio del Valle y luego al vicario Manuel Antonio de Molina; y el de San Miguel al vicario Miguel de Barroeta. Aunque el ganador final del sorteo fue Barroeta, este no pudo ser parte de la Junta Suprema debido a que fue sustituido por el Consejo de Regencia.^[79]​

El 14 de febrero de 1810, el Consejo de Regencia ordenaría a los ayuntamientos, que fuesen cabeza de partido (que en la Capitanía General de Guatemala se interpretó como sede de gobernación o intendencia), que por sorteo eligiesen un diputado para las cortes generales; siendo elegido en San Salvador el presbítero José Ignacio Ávila, que participaría en dichas cortes que emitieron la constitución española de 1812. Con esta constitución la intendencia de San Salvador y la alcaldía mayor de Sonsonate pasaron a ser parte de la provincia de Guatemala; sus líderes recibieron además el título de jefe político; se instalaron ayuntamientos en las poblaciones con más de 1000 habitantes, siendo los miembros de los ayuntamientos electos por los ciudadanos; y se llevarían a cabo elecciones para la conformación de la diputación provincial de Guatemala, que impulsaría la economía y progreso de esa provincia, y que como representante por Sonsonate estaría el presbítero José Simeón Cañas y por San Salvador José Matías Delgado.^[53]​

En mayo de 1814, Fernando VII regresó a España como rey, e inmediatamente restableció el absolutismo, derogando la Constitución de Cádiz. Los efectos de las medidas reales se hicieron sentir en Centroamérica, donde el capitán general de Guatemala, José de Bustamante y Guerra, desató una persecución en contra de los independentistas y los defensores de las ideas liberales, que se prolongaría hasta la destitución de Bustamante en 1817.

En 1820, la Revolución de Riego, en España, restableció la vigencia de la Constitución de Cádiz. El capitán general de Guatemala, Carlos Urrutia, juró la Constitución en julio de ese año y poco después se convocó a elecciones para elegir ayuntamientos y diputaciones provinciales (estando en está última como representante por San Salvador el presbítero José Matías Delgado, y por San Miguel el presbítero Manuel Antonio de Molina),^[53]​ además de permitirse la libertad de prensa en el territorio del Reino de Guatemala. Aprovechando el ambiente de libertad, comenzaron a publicarse en Guatemala, dos periódicos nuevos: El Editor Constitucional bajo la dirección del guatemalteco Pedro Molina, que defendía posiciones muy liberales, y El Amigo de la Patria dirigido por el hondureño José Cecilio del Valle, que defendía posiciones más conservadoras. El 8 de mayo de 1821, las cortes españolas decretaron que todas las Intendencias sean elevadas al rango de provincia (es decir que sus mandatarios tengan además el título de jefe político superior, y que puedan establecer su propia diputación provincial), por lo que la intendencia de San Salvador pasa a ser la Provincia de San Salvador; mientras que la alcaldía mayor de Sonsonate forma parte de la Provincia de Guatemala. En junio de 1821, el capitán general Urrutia fue sustituido por Gabino Gaínza. En agosto llegaron a Centroamérica las noticias de la Independencia de México, bajo los términos establecidos en el Plan de Iguala de Agustín de Iturbide. Ante esta nueva realidad, Gaínza convocó a la reunión de notables del 15 de septiembre.^[80]​^[9]​

El 15 de septiembre de 1821, en una reunión en la Ciudad de Guatemala, los representantes de las provincias centroamericanas declararon su independencia de España; erigiéndose la diputación provincial de Guatemala en Junta provisional consultiva, presidida por el antiguo capitán general español (Gabino Gaínza), y en la que estarían como representantes de la provincia de San Salvador los presbíteros José Matías Delgado y Manuel Antonio de Molina (que anteriormente estaban en la diputación provincial), y de la alcaldía mayor de Sonsonate el presbítero Ángel María Candina. La noticia de la independencia llegó a San Salvador el 21 de septiembre. (1) (2)

Al concretarse la independencia centroamericana, solamente le quedaban tres opciones a la naciente unión de provincias: primero, conservar la unidad de las provincias; segundo, independizarse en naciones bien definidas; o tercero, anexarse al Imperio Mexicano de Agustín de Iturbide.

El 4 de octubre de 1821, le correspondía a la provincia de San Salvador elegir a los miembros de su diputación provincial, que ayudaría al jefe político superior de la provincia (en ese entonces Pedro Barriere) en la administración y progreso del territorio. Pero Barriere, que estaba a favor de la anexión a México, haría arrestar a los del bando opuesto; por la que Junta provisional consultiva de Guatemala nombraría el 9 de octubre, a uno de sus miembros, el presbítero José Matías Delgado como nuevo intendente-jefe político, quien realizaría las elecciones a diputación provincial, siendo electos: Manuel José Arce, Antonio José Cañas, Juan Manuel Rodríguez, Sixto Pineda, Juan Fornos, y Basilio Zeceña.^[81]​^[82]​

En la alcaldía mayor de Sonsonate, el alcalde mayor José Manuel Nájera y Bátres se rehusaría a aceptar la independencia por lo que en octubre de ese año la junta provisional consultiva nombraría como su sucesor a José Fernández Padilla, el cual aceptaría la independencia el 7 de octubre. Pero, en noviembre de ese año el ayuntamiento sonsonateco decretaría la anexión a México, por lo que se enviarían tropas de Guatemala y de la villa de Santa Ana para pacificar el territorio, lo cual se logrearía y Padilla sería destituido y reemplazado en diciembre de ese año por Juan Fermín Aycinena.^[74]​

La noticia de la independencia desconcertó a la mayoría de los grupos conservadores en las distintas provincias y ayuntamientos de Centroamérica. La preocupación de los sectores conservadores se tranquilizó cuando las autoridades de Guatemala recibieron una carta de Iturbide, quien se había proclamado Emperador de México, invitando a Centroamérica a unirse al imperio.^[83]​

La Junta decidió consultar a los ayuntamientos y respondieron dos tercios de ellos, de los cuales 168 aprobaron la anexión, y dos, San Salvador y San Vicente, rehusaron unirse a México. La Junta de Guatemala declaró la anexión a México el 5 de enero de 1822. Iturbide envió tropas mexicanas al mando del general Vicente Filísola para asegurar dicha anexión.^[83]​

El 11 de enero de 1822, el presbítero Delgado y la diputación provincial de San Salvador decidieron declarar la separación de la provincia de la antigua capitanía general de Guatemala, constituirse en junta gubernativa y prepararse para la guerra contra Guatemala y México.^[83]​ Gaínza mandaría primeramente a Nicolás de Abos y Padilla, y luego a Manuel Arzú, pero ambos serían derrotados. El 22 de junio Vicente Filísola sería nombrado jefe político y capitán general de Guatemala, y se encargaría de someter a los ayuntamientos rebeldes de San Salvador y San Vicente.^[83]​

En Sonsonate, el 24 de febrero de 1822, debido a la mala salud de Aycinena, se nombraría como alcalde mayor al coronel Lorenzo Romaña, quien conformaría un contingente de tropas para unirse primeramente a Arzú y luego a Filísola para derrotar a la provincia de San Salvador.^[74]​

La junta gubernativa de la provincia designaría al presbítero Delgado como obispo de San Salvador y enviaría a Juan de Dios Mayorga como diputado al congreso del imperio mexicano; y luego que este fuese disuelto convocaría a un congreso (que se instaló el 10 de noviembre de ese año), que decidiría la anexión de la provincia a los Estados Unidos (lo que al final no se daría debido a la caída del Imperio mexicano).^[83]​

El general Filísola entró con sus tropas a San Salvador el 9 de febrero de 1823, luego de varios meses de resistencia. Mientras que las tropas de la provincia, permanecerían en pie de lucha, movilizándose en las poblaciones de la zona paracentral, hasta rendirse en Gualcince (Honduras) el 21 de febrero de ese año.^[83]​

Cuando Filísola regresó a Guatemala, dejando al general Felipe Codallos al mando de la provincia, recibió la noticia de que Iturbide había sido derrocado y que México se había constituido en república. Siendo Filísola fiel a su emperador y no a México, le pidió a la Junta de Guatemala que convocara a los diputados centroamericanos para que tomaran una decisión.^[83]​

El 25 de mayo, un motín obligaría al general Codallos, y su tropa de 500 soldados guatemaltecos y mexicanos, a abandonar la provincia. Siendo sustituido en el mando de la provincia, por la junta consultiva (conformada por Mariano Prado, el coronel José Justo Milla y coronel José de Rivas); que ejerció el cargo hasta el 17 de junio cuando le traspasó el mando a su presidente Mariano Prado.^[84]​ Mientras que en Sonsonate, en lugar de Romaña estaría como alcalde mayor Miguel de Mendoza.^[74]​

Después de la salida de las tropas mexicanas y guatemaltecas, se procedió a elegir una nueva diputación provincial, que estaría presidida por el jefe político Mariano Prado, y que estaría conformada por Manuel José Durán, José de Rivas, Juan Fornos, Pedro Mártir Acosta, José Inocente Escolán, Mariano Zúñiga, Casimiro Antonio Morales, y Manuel Trinidad Estupinian.^[85]​^[86]​

Juan Manuel Rodríguez, primer jefe del estado del Salvador con el título de jefe político

José Mariano Calderón, primer presidente del congreso constituyente del estado

La asamblea centroamericana, cuyo presidente era el presbítero José Matías Delgado, proclamó el 1 de julio de 1823 la independencia de España, México o cualquier otra nación, y se constituyeron las Provincias Unidas de Centroamérica (3).

El 27 de septiembre la diputación, debido a la rebelión de Rafael Ariza, se erigiría en junta gubernativa, levantaría una fuerza de 2000 hombres, y enviaría a Guatemala un contingente de 750 soldados comandados por el coronel José de Rivas; designando a su vez al capitán Pedro José Arce para que diese a aviso a las autoridades guatemaltecas del avance de las tropas. Este contingente, luego de cumplir su propósito, regresaría a la provincia vía Sonsonate, obligando a esa alcaldía mayor a unirse a la provincia y convirtiéndose Pedro José Arce en el último alcalde mayor de esa jurisdicción.^[74]​^[84]​^[83]​^[87]​

El 30 de septiembre la junta volvería a retornar el estatus de diputación; pero el 27 de octubre, debido a considerar los miembros de la diputación que los conservadores tenían una cuota de poder significativa en el gobierno de las provincias unidas, volvería a erigirse como junta gubernativa.^[85]​^[86]​^[83]​

El 22 de diciembre de 1823 la Alcaldía Mayor de Sonsonate y la Provincia de San Salvador acuerdan unirse, Ahuachapán se rehúsa hasta el 7 de febrero de 1824. Por otro lado, el 2 de febrero de 1824, la junta gubernativa de la provincia teniendo únicamente a las bases de constitución federal, convocaría a elecciones para el congreso constituyente estatal.^[83]​

El 5 de marzo se instalaría en San Salvador, en el edificio del convento de San Francisco (donde hoy está el mercado ex cuartel o de artesanías), el congreso constituyente; que estaría conformado por 3 diputados de la alcaldía mayor (2 por Sonsonate y 1 por Ahuachapán) y 15 de la provincia de San Salvador; y cuyo primer presidente sería José Mariano Calderón. Dicho congreso, el 21 de abril designaría como jefe político del estado a Juan Manuel Rodríguez; el 7 de mayo, decretaría la creación de las fuerzas armadas (con el nombre de legión de libertad), cuyo proyecto de ley había sido elaborado por Manuel José Arce; y el 18 de mayo, designaría a Joaquín Durán y Aguilar como el primer presidente de la Corte Suprema de Justicia.^[83]​^[88]​^[89]​

El 12 de junio, el congreso emitiría la Constitución del estado con el que la alcaldía mayor de Sonsonate y la provincia de San Salvador se unen totalmente y forman el Estado de El Salvador, perteneciente a las Provincias Unidas de Centroamérica.^[83]​ El 1 de octubre, Rodríguez sería sustituido por el vicejefe electo del estado Mariano Prado, quien fungiría hasta el 12 de diciembre cuando llega al poder Juan Vicente Villacorta Díaz, primer jefe supremo del estado elegido por votación de la población.^[84]​

La asamblea constituyente centroamericana, presidida por el prócer salvadoreño José Matías Delgado, promulgó la primera Constitución federal, el 22 de noviembre de 1824.

Se eligió en 1825, como primer presidente de la República Federal, al salvadoreño Manuel José Arce apoyado por los liberales, pero este, para poder gobernar buscó el apoyo de los conservadores que eran mayoría en el Congreso Federal. En 1826 el gobierno de Arce se enfrentó con el gobierno liberal del Estado de Guatemala, estallando la guerra civil en toda Centroamérica con excepción de Costa Rica. La guerra civil duró hasta 1829. Los liberales se unieron en torno del hondureño Francisco Morazán, quien logró derrotar militarmente a las tropas federales y expulsó de Centroamérica a Arce, en 1829; siendo electo como Presidente de la Federación en 1830.^[90]​

El Estado de El Salvador se dio su propia Constitución el 12 de junio de 1824, siendo jefe de Estado, el independentista Juan Manuel Rodríguez. Desde la época colonial existía gran recelo entre las élites de San Salvador y Guatemala y luego de la independencia, se produjo una abierta confrontación. Mientras el gobierno de la República Federal residió en Guatemala, hubo numerosos enfrentamientos entre este y el gobierno estatal de El Salvador. En 1827 estalla la guerra entre el gobierno del Estado de El Salvador y el gobierno federal de Arce. En 1830 los salvadoreños eligen a José María Cornejo, un conservador, como jefe de Estado, quien se opone al nuevo presidente federal Morazán y llega hasta declarar la separación del Estado salvadoreño de la Federación. Morazán con sus tropas federales entraron a San Salvador, destituyendo a Cornejo y dejando en el poder a Mariano Prado, quien al poco tiempo es sustituido por Joaquín de San Martín, que de nuevo anuncia la separación de la Federación. Morazán entonces invadió El Salvador y trasladó la capital federal a San Salvador, en 1834. Luego del traslado a San Salvador del gobierno federal y hasta 1840, Morazán impuso un fuerte control sobre el gobierno del Estado de El Salvador. En 1837 Rafael Carrera, apoyado por el clero y los conservadores de Guatemala, se levantó en armas desde Quetzaltenango contra la Federación. Carrera derrotó a Morazán, quien abandonó San Salvador en 1840, rumbo a Costa Rica. Tras el exilio de Morazán, se instaló un nuevo gobierno conservador en El Salvador, presidido por Juan Lindo.

Una de las causas de la derrota de los liberales y la disolución de la Federación Centroamericana fue su anticlericalismo, el fuerte sentimiento provinciano de cada región, y además la aprobación de una serie de leyes que provocaron reacciones negativas entre la población indígena. Las Cortes de Cádiz habían suprimido en 1812 los tributos de los pueblos indios. Cada vez que se querían implantar de nuevo, surgían reacciones negativas en las comunidades indígenas. Cuando Mariano Prado como jefe de Estado de El Salvador introdujo el sistema de jurados y un nuevo impuesto que tenían que pagar todos los ciudadanos, se produjeron levantamientos en Izalco y San Miguel, produciéndose en 1833 la sublevación de los indígenas nonualcos, acaudillados por Anastasio Aquino, en la población de Santiago Nonualco en el actual departamento de La Paz.^[91]​

Eterno adversario político de los liberales, el Conservador Dr. Dueñas fue uno de los personajes que contribuyó a dar una estabilidad política social y militar al país. Inició el proceso de inserción del país en el mundo del comercio internacional; Bajo su liderazgo, "el partido clerical estaba en ascenso y El Salvador experimentó una reacción conservadora de gran alcance

Gr Doroteo Vasconcelos. El presidente Salvadoreño, lidero una alianza entre Honduras y El Salvador por un contra Guatemala como paso en 1851 durante. los dos países acordaron en invadir Guatemala para derrotar el régimen conservador de Carrera, establecer la Federación Centroamericana que querían los liberales y vengar a su amigo, el general Francisco Morazán, pero fue derrotado en la Batalla de la Arada

El 2 de febrero de 1841, una Asamblea Constituyente proclamó la separación de El Salvador de la Federación Centroamericana;^[92]​ y los días 16 y 18 del mismo mes y año, respectivamente, aprobó el Decreto Legislativo de Fundación de la Universidad de El Salvador y emitió la primera Constitución de El Salvador como Estado soberano e independiente de la República Federal, la cual contemplaba la posibilidad de efectuar la reorganización de la desaparecida Federación Centroamericana. Sin embargo, en vista de la dificultad insuperable de conseguir ese objetivo, el parlamento salvadoreño, actuando de conformidad a lo prescrito por el Art. 95 de la Constitución de 1841,^[93]​ expidió el Decreto Legislativo del 25 de enero de 1859, publicado en la Gaceta del (Sic) Salvador n.º 88, Tomo n.º 7, del 19 de marzo de 1859,^[94]​ en el que reafirmaba la soberanía externa de El Salvador, erigiendo al Estado en República independiente.^[95]​

Durante las tres décadas siguientes a la desintegración de la República Federal, El Salvador vivió un período de gran inestabilidad política, debido a la rivalidad entre liberales y conservadores, a los conflictos con los Estados vecinos, y a la falta de consolidación de la identidad nacional. La lucha por el gobierno entre las dos facciones, llegó al extremo que estando uno de los dos grupos en el poder, el otro partido no dudaba en pedir ayuda a los países vecinos para derrocar al gobierno contrario, por lo que en este período hubo frecuentes insurrecciones y revueltas, manteniéndose un clima constante de guerra civil.

En Centroamérica, los liberales apoyaban el reconocimiento legal de las libertades individuales, la liberalización del comercio, la separación entre Iglesia y Estado, además de defender el unionismo centroamericano; mientras, los conservadores, por el contrario apoyaban mantener muchas de las instituciones coloniales, la colaboración entre autoridades civiles y eclesiásticas, y preferían la independencia de cada país de la antigua Federación Centroamericana.

Hay que considerar que tanto la facción liberal como la facción conservadora estaban organizadas en torno a liderazgos personalistas (caudillistas). Este fenómeno hacía que no hubiera ejércitos institucionales y que cada caudillo reclutara su propia milicia. En Centroamérica, el máximo caudillo liberal fue el hondureño Francisco Morazán y el principal caudillo conservador fue el guatemalteco Rafael Carrera y Turcios; ambos tenían seguidores en El Salvador. Los caudillos salvadoreños como Gerardo Barrios (liberal) y Francisco Malespín y Francisco Dueñas (conservadores) representaron estas posiciones antagónicas.

El primero de los caudillos locales de El Salvador fue Francisco Malespín quien gobernó desde 1840 hasta 1845. Primero indirectamente, a través de los presidentes Norberto Ramírez, Juan Lindo y Juan José Guzmán, y a partir de 1844 directamente como presidente. A los pocos días de asumir el poder, Malespín decidió invadir Nicaragua y dejó al mando al general Joaquín Eufrasio Guzmán.

Gerardo Barrios, seguidor de Morazán, que había intentado derrocar a Malespín anteriormente, aprovechó su ausencia y convenció a Guzmán para que asumiera el cargo de presidente (1845-46); le sucedieron Eugenio Aguilar (1846-48) y Doroteo Vasconcelos (1848-51). Francisco Malespín, ayudado por Rafael Carrera, intentó inútilmente recuperar el poder hasta que fue asesinado en 1846. El presidente Doroteo Vasconcelos cometió el error de enemistarse con Rafael Carrera, desconociendo a su gobierno, apoyando a los liberales guatemaltecos y repatriando desde Costa Rica, con honores, los restos de Morazán. Vasconcelos invadió Guatemala y fue derrotado en la batalla de la Arada en febrero de 1851, concluyendo así, el primer período de gobierno de los liberales.

Los conservadores salvadoreños eligieron presidente a Francisco Dueñas, quien gobernó entre 1851 y 1854; bajo su influencia se sucedieron José María San Martín (1854-56), Rafael Campo (1856-58) y Miguel Santín del Castillo (1858). Durante este período se produjo el decaimiento de la producción añilera a causa por la invención de los colorantes sintéticos en Europa. El cultivo de la planta de jiquilite de la que se extrae el colorante azul índigo o añil había sido la base de la economía del país desde el período colonial.

En 1856 los países centroamericanos se unieron para atacar a William Walker, que se había apoderado del gobierno de Nicaragua. El presidente Rafael Campo nombró a Gerardo Barrios jefe de las fuerzas salvadoreñas destinadas a Nicaragua. A su regreso, victorioso, Barrios derrocó a Miguel Santín y en 1859 se proclamó presidente. Durante su gobierno, el presidente Barrios introdujo masivamente el cultivo del café en el país y fomentó la instrucción pública. A pesar de que Barrios trató de no enemistarse con Rafael Carrera, finalmente llegaron al enfrentamiento bélico y las fuerzas salvadoreñas fueron nuevamente derrotadas. De nuevo fue Francisco Dueñas nombrado presidente en octubre de 1863, puesto que mantuvo hasta 1871 con el apoyo de Guatemala.

Santa es la lucha a la que estamos llamados; la causa que va a sostenerse espada en mano, es la del honor nacional, es la religión de nuestros padres, es la de nuestra raza amenazada en su existencia política y cultural y es por último la de Centro América.^[96]​

Francisco Dueñas, 25 de junio de 1856.

En abril de 1871, el liberal Santiago González derrocó a Dueñas, lo que marca el triunfo de los liberales. En su gobierno que se prolongó hasta 1876, se proclamó la libertad de cultos, se secularizaron los cementerios, se legalizó el matrimonio civil, se introdujo la educación laica y se suprimieron las órdenes religiosas.^[97]​

El presidente Rafael Zaldívar, que había sustituido a González en 1876, decretó en 1881 y 1882, varias leyes que anularon el sistema de tierras comunales y ejidos, prevalente en el país, desde la época colonial. Esta legislación virtualmente permitió que unas pocas familias se adueñaran de grandes extensiones de tierras. Zaldívar fue derrocado en 1885, sucediéndolo el general Francisco Menéndez, quien promulgó la Constitución de 1886, de principios liberales. Durante este período, familias europeas llegaron al país y rápidamente se colocaron en una situación económica poderosa debido a su conocimiento del mercado internacional. Estas familias se desarrollaron en el área del comercio y en la producción e industrialización del café.^[98]​

El 22 de junio de 1890, se daría un golpe en contra del general Francisco Menéndez, quien falleciera en ese momento debido a un infarto. El golpe fue dado por uno de sus más cercanos colaboradores, el general Carlos Ezeta, que asumió el gobierno y que en su gestión buscaría tener controlado a los cafetaleros e imponer un impuesto a la exportación de este; por lo cual, varios miembros de esas familias cafetaleras se exiliarían en Guatemala, desde donde planificaron el golpe de Estado contra Ezeta que sería conocido como la Revolución de los 44, y que fue llevado a cabo en el año de 1894. Luego del éxito de dicho golpe, asumiría el gobierno Rafael Antonio Gutiérrez, quien con sus congéneres de Honduras y Nicaragua buscaría restablecer la unión centroamericana con la creación de la República mayor de Centroamérica; pero debido a que el gobierno de esa nueva federación buscaría trasladar el armamento militar salvadoreño a la sede de la unión, el general Tomás Regalado (que también fue uno de los 44) se levantaría y depondría al gobierno.^[98]​^[99]​

A partir de 1898, con la llegada al poder del general Tomás Regalado y hasta 1931, se sucedieron una serie de gobiernos estables. La presidencia quedó en manos de los grandes terratenientes cafetaleros. La élite económica gobernó el país pasándose la presidencia en forma directa. A este período histórico se le conoce como la "República Cafetalera".^[99]​

A Regalado, en 1903, le sucedería en el gobierno Pedro José Escalón, a quien según la historiografía nacional le interesaba más las peleas de gallos que los asuntos de gobierno, que serían manejados por el entonces ministro de guerra y marina Tomás Regalado; hasta que este decidió declararle la guerra a Guatemala en 1906, conflicto en el que fallecería. Luego de Escalón, en 1907, llegaría el general Fernando Figueroa, quien mantendría al país en permanente estado de sitio y de censura oficial contra todo tipo de publicaciones, debido al temor de conspiraciones contra el gobierno, en especial del general Potenciano Escalón (que había sido candidato en las elecciones de 1907 y se negaba aceptar el triunfo de Figueroa).^[99]​

En 1911, asumió como presidente el doctor Manuel Enrique Araujo, quien fue vicepresidente en el mandato anteior, y quién durante su mandato creó la Guardia Nacional y tomó una serie de medidas para aumentar la presencia del Estado en el interior del país. La bandera y el escudo actuales del país fueron adoptados en 1912 durante la presidencia de Araujo, quien fue asesinado en febrero de 1913.^[99]​

Después del asesinato de Araujo, la poderosa familia de los Meléndez-Quiñonez gobernó el país hasta 1927 como una dinastía; en la que los hermanos Carlos y Jorge Meléndez y su cuñado Alfonso Quiñónez Molina se intercambiaban la presidencia de la República, amparados por su partido (el Partido Nacional Democrático) y su entidad paramilitar (las Ligas Rojas).^[99]​ Ellos eran miembros de la élite económica conocida como las 14 Familias (número que es evidentemente simbólico, por los catorce departamentos) u Oligarquía Criolla, por ser descendientes directos de españoles nacidos en el país. Además de estas familias estaban también los Dueñas, los Araujo, los Orellana, los Álvarez, Meza-Ayau, los Quiñones, los Molina, los Regalado y los Menéndez Castro.^[100]​ Al final del período, asignaron a Pío Romero Bosque a la presidencia, pero este organizó elecciones consideradas libres, que fueron ganadas por el Partido Laborista de Arturo Araujo. El Partido Laborista recibió el apoyo de estudiantes, obreros y del Partido Comunista Salvadoreño (PCS), que había sido fundado en 1930 por un grupo de militantes entre los que se encontraba Agustín Farabundo Martí. Araujo instauró un régimen de libertades civiles y permitió la inscripción del PCS como partido político legal.^[101]​

Ante la grave situación económica que vivía el país por la caída de los precios del café, el gobierno de Arturo Araujo entró en crisis y fue derrocado por un grupo de militares, el 2 de diciembre de 1931. Estos entregaron el poder al general Maximiliano Hernández Martínez quien era el vicepresidente constitucional del gobierno, dando inicio a un período de gobiernos autoritarios controlados por la Fuerza Armada y apoyados por los terratenientes cafetaleros. Entre los candidatos se encontraban el Ing. Arturo Araujo que fungia como Ingeniero e Historiador Realizó sus estudios en Reino Unido ahí aprendió más sobre el Partido Laborista Británico y sobre su ideología fue así que creó un partido similar con el mismo nombre donde competiría para las elecciones, el segundo candidato fue el Dr. Alberto Gómez Zarate que fungía como Ministro de Guerra durante la administración de Pío Romero Bosque, el tercer candidato era El Dr. Miguel Tomás Molina que se consideraba opositor a la Dinastía Meléndez-Quiñonez, el cuarto candidato era el Dr. Enrique Córdova quien ocupó varios cargos públicos durante la Dinastía Meléndez-Quiñonez y el quinto candidato era Antonio Claramount Lucero que fungía como militar en la Fuerza Armada de El Salvador, Maximiliano Hernández Martínez también presentó una candidatura de facto con el Partido Nacional Republicano pero luego se convertiría en designado presidencial de Arturo Araujo. Tras la Crisis Económica de 1929, muchos campesinos se manifestaron con los altos precios que lidiaba el café y los bajos salarios lo cual afectaría la economía tanto de los terratenientes como de los campesinos debido a la escasez del café, y a la inflación, es por esto que Arturo Araujo crearía una reforma agraria para poder hacer una repartición de tierras, este sería una de los motivos para el levantamiento campesino, Sin Embargo tras la incapacidad de lidiar con dicha crisis y las manifestaciones, el 2 de diciembre del mismo año se daría un golpe de Estado perpetrado por la oligarquía cafetalera con Maximiliano Hernández Martínez a su favor, fue así que el golpe se produjo, Araujo se exiliaría a Guatemala y regresaría después a El Salvador donde fallecería unos años más tarde, tras esto se crearía el Directorio Cívico dando el poder a Maximiliano Hernández Martínez reemplazando a Arturo Araujo, Martínez fungía como Vicepresidente y Ministro de Guerra de la República.

Desde 1931 hasta 1979, los gobiernos autoritarios de este régimen militar-oligárquico emplearon una política que combinaba la represión política y las reformas limitadas para mantenerse en el poder.^[102]​

Apenas había asumido el poder el general Maximiliano Hernández Martínez, cuando en enero de 1932, el PCS participó en una insurrección popular junto a grupos indígenas y campesinos del occidente y centro del país. Los planes de dicha insurrección fueron conocidos por el gobierno, y Farabundo Martí y otros líderes del PCS fueron arrestados antes de la misma. Los alzados lograron apoderarse de las ciudades de Juayúa, Nahuizalco, Izalco, Sonzacate, Tacuba y Salcoatitán, en donde realizaron algunos actos de vandalismo contra la propiedad de las familias terratenientes. Posteriormente, la insurrección, fue aplastada sangrientamente por la dictadura de Martínez. El número de víctimas civiles de la represión militar ha sido debatido por los historiadores; algunos hablan de 10,000 muertos; otros elevan la cifra a entre 20,000 y 30,000 muertos.^[103]​ Farabundo Martí y los otros líderes del PCS fueron fusilados el 1 de febrero. También fue ejecutado Feliciano Ama, cacique de los indígenas de Izalco y Francisco Sánchez, líder campesino de Juayúa.

Aunque el PCS se inspiró en el triunfo de la Revolución Bolchevique en 1917 para organizar la insurrección de 1932, en realidad el Partido estaba conformado por un núcleo pequeño de intelectuales y estudiantes universitarios y tuvo un rol muy limitado en la insurrección. Las masas que participaron en la insurrección fueron mayoritariamente indígenas. Esto es muy importante indicarlo, ya que la insurrección de 1932 es reconocida por varios sociólogos e historiadores salvadoreños como la continuidad de la lucha de resistencia indígena iniciada por el indígena Anastasio Aquino, cacique de los Nonualcos. Entonces ocurrió que varios procesos históricos confluyeron y chocaron en El Salvador a partir de 1932: la dictadura oligarca de las grandes familias cafetaleras, la resistencia indígena salvadoreña, y la Segunda Guerra Mundial, en la que el país acabó alineándose con los Aliados principalmente por motivos económicos. Luego de la sangrienta represión considerada por muchos historiadores como un etnocidio, se produjo una progresiva desaparición de las costumbres indígenas.

Vencida la insurrección, el general Martínez consolidó su gobierno e inauguró lo que más tarde sería conocido como la Dictadura Militar de corte fascista. Martínez aprobó una serie de medidas económicas para afrontar la crisis que vivía el país ante la caída de los precios del café, entre ellas la condonación de las deudas a los hacendados cafetaleros y la creación del Banco Hipotecario, entidad financiera estatal que concedió créditos a los terratenientes. Martínez fue derrocado en 1944 luego de una paralización social en todo el país conocida como la "Huelga de Brazos Caídos", pero el Ejército y la oligarquía retomaron el poder.

Después del derrocamiento del dictador, ocupó el gobierno el general Andrés Ignacio Menéndez, el cual al intentar hacer elecciones libres, fue derrocado el 21 de octubre de 1944. Asumió la presidencia el coronel Osmín Aguirre y Salinas, que convocó elecciones presidenciales en 1945. La oposición afirmó la victoria de su candidato Miguel Tomás Molina, pero los militares proclamaron el triunfo del general Salvador Castaneda Castro.

Entre 1945 y 1948, el breve gobierno de Castaneda Castro, continuó muchas de las políticas del gobierno dictatorial de Martínez.^[104]​

El 14 de diciembre de 1948, Castaneda Castro fue derrocado por un golpe de Estado promovido por sectores renovadores del Ejército que llevó al poder al llamado Consejo de Gobierno Revolucionario. En 1950 se redactó una nueva Constitución de carácter social-progresista y se creó un nuevo partido oficial, el Partido Revolucionario de Unificación Democrática (PRUD) que se proponía imitar muchos aspectos del PRI mexicano. El PRUD gobernó con el teniente coronel Óscar Osorio (1950-1956) y el teniente coronel José María Lemus (1956-1960) quienes impulsaron una serie de reformas de corte socialdemócrata como la creación del Seguro Social (ISSS) y el Instituto de Vivienda Urbana (IVU) además de impulsar un proceso limitado de industrialización, dentro del modelo de sustitución de importaciones que promovía en ese momento la CEPAL. También se impulsó un programa de construcción de mega proyectos de infraestructura como la Carretera del Litoral y la Presa Hidroeléctrica "5 de Noviembre"

Los gobiernos de Osorio y Lemus pudieron llevar a cabo sus planes sociales y obras de infraestructura gracias a un período de bonanza en los precios del café y a la introducción de un nuevo cultivo bastante rentable: el algodón. Cuando al final de la década de 1950 el precio del café decayó, el gobierno de Lemus entró en crisis y fue derrocado el 26 de octubre de 1960.^[62]​

Luego del derrocamiento de Lemus, hubo tres breves gobiernos provisionales: la Junta de Gobierno (26 de octubre de 1960 - 25 de enero de 1961), controlada por oficiales militares próximos al expresidente Óscar Osorio y al que se incorporaron civiles progresistas, y que fue derrocada; el Directorio Cívico-Militar (25 de enero de 1961 - 25 de enero de 1962), que sustituyó a la junta luego de su derrocamiento, y que fue formado por oficiales y civiles conservadores; y el gobierno como presidente provisional de Rodolfo Cordón Cea (25 de enero - 1 de julio de 1962), que fue designado para tal cargo por la asamblea constituyente.

En 1962 se redactó una nueva Constitución, que prohibía "las doctrinas anárquicas y contrarias a la democracia", prohibición que los gobiernos militares aplicaron en contra del Partido Comunista Salvadoreño y de los movimientos de izquierda. En abril de ese año, se convocaron elecciones presidenciales. Se fundó un nuevo partido oficial del régimen militar, el Partido de Conciliación Nacional (PCN) que llevó al gobierno al coronel Julio Adalberto Rivera (1962-1967). Bajo Rivera, El Salvador se adhirió al programa de la Alianza para el Progreso, impulsado por la administración de John F. Kennedy para contrarrestar la oleada de movimientos guerrilleros y fuerzas de izquierda inspiradas en la revolución cubana en 1959.

Mediante lo que se constituyó como una política de desarrollo, Estados Unidos aprobó préstamos para la construcción de infraestructuras económicas para modernizar la base atrasada del Estado salvadoreño. Durante este período se planificaron y construyeron obras de infraestructura: el muelle de Acajutla, el aeropuerto internacional de El Salvador, el Hospital Bloom, la autopista a Comalapa, nuevas instalaciones del Instituto Francisco Menéndez, etc. El tipo de cambio permaneció estable, así como los índices de precios; la emigración hacia el exterior (particularmente a los Estados Unidos) y las migraciones internas hacia los centros urbanos no fueron particularmente significativas.

El coronel Fidel Sánchez Hernández fue elegido presidente para el período 1967 -1972. En este período, Estados Unidos también envió un grupo de asesores militares para organizar lo que más tarde se conoció como la Organización Democrática Nacionalista (Orden), siglas bajo las cuales se organizaron a grupos paramilitares. La introducción de Orden intensificó la represión hacia la población civil, involucrando a miembros activos del PCN, los cuales fueron denominados "orejas" por la gente común, por su labor de informantes del régimen militar.

En este contexto, Estados Unidos enfocó su política a la neutralización de los posibles focos de comunismo. Así fue como Estados Unidos envió a un grupo de asesores técnicos del Instituto Americano del Desarrollo del Sindicalismo Libre, IADSL, para crear dos organizaciones populares que, según sus cálculos, se "encargarían" de hacer su trabajo: la Unión Comunal Salvadoreña, UCS, y la Asociación Nacional de Indígenas Salvadoreños, ANIS. A estos dos grupos, Estados Unidos les facilitó créditos para la compra de tierras e insumos para la producción agropecuaria, y luego bajo la presidencia del coronel Arturo Armando Molina los convirtieron en los principales beneficiarios de la Reforma Agraria. Pero la dimensión de este proyecto no fue significativa, ya que el número de cooperativas formadas fue insignificante, además de no haber tenido cobertura nacional, debido a que la naturaleza de proyecto respondía a la política de Estados Unidos en el área. Luego de establecidas, estas dos organizaciones fueron afiliadas a la AFL-CIO estadounidense. Los militares pudieron haber jugado un pa­pel crucial en este proceso, tal y como lo hicie­ron en otros países de América Latina, pero en El Salvador no lo llevaron a cabo. En cambio, durante las tres décadas siguientes controlaronla sociedad sin llegar a dominarla por comple­to. No lograron convertirse en el verdadero conductor nacional que reemplazase a la oli­garquía tradicional. Perdieron varias oportuni­dades de formar coaliciones con otros sectores importantes y dinámicos, a la vez que impidie­ron que fueran otros quienes las formasen. La pretensión de los militares de propiciar una cierta industrialización, así como una le­gislación que protegiera mínimamente los de­rechos de los trabajadores —el reformismo mi­litar— dejó intacta a la sociedad salvadoreña. Los cambios ocurridos no fueron planeados y, en la mayoría de los casos, ni siquiera previstos. Los gobiernos militares no fueron oligárquicos, aunque a la postre resultaron beneficiosos para la oligarquía. Se trató en todos los casos de dic­taduras que nunca permitieron prosperar a las instituciones republicanas, ni siquiera que ope­rasen durante algún tiempo. Su legado históri­co ha sido, entre otros, un déficit de institucio- nalidad que la sociedad salvadoreña todavía debe compensar.

En 1969 se produjo la guerra de las Cien Horas con la invasión del sur de Honduras por el Ejército y la Aviación salvadoreña. Este conflicto tenía su origen en la década de 1920, cuando miles de salvadoreños emigraron a Honduras en busca de mejorar sus condiciones de vida. A finales de la década de 1960, el gobierno hondureño estaba bajo presión de organizaciones populares demandando una reforma agraria. A la comunidad salvadoreña, que sobrepasaba los 300,000, le fueron confiscados negocios y propiedades. Esto generó un clima de violencia contra los salvadoreños, con la aprobación del gobierno de turno de López Arellano. El Salvador tomó acción y el 14 de julio de 1969 invadió Honduras. Las Fuerzas Armadas de El Salvador, comandadas por el general José Alberto “El Chele” Medrano, capturaron 1650 km² de territorio hondureño, entre ellos Nueva Ocotepeque, territorio que fue restituido en agosto de ese mismo año. Fuentes estiman que en esta guerra murieron más de 2000 personas. La guerra fue etiquetada erróneamente por periodistas extranjeros como la «guerra del Fútbol», pues su inicio coincidió con una escaramuza generada entre los hinchas de las selecciones de ambos países después del tercer encuentro del campeonato por la eliminación hacia la Copa del Mundo 1970.^[105]​

Durante la década de los 1970, la situación política que desembocó en la guerra civil comenzó a configurarse. En abril de 1970, una corriente interna del Partido Comunista Salvadoreño se separó para formar las Fuerzas Populares de Liberación "Farabundo Martí" (FPL). En 1971, "el Grupo" una organización de jóvenes universitarios, antecedente del Ejército Revolucionario del Pueblo, secuestraron y asesinaron al empresario Ernesto Regalado Dueñas, miembro de una de las más poderosas familias terratenientes del país.^[106]​

En la elección presidencial de 1972, los opositores a la dictadura militar, principalmente el Dr. Guillermo Manuel Ungo, dirigente del Movimiento Nacionalista Revolucionario (MNR), y Francisco Lima del partido Unión Democrática Nacionalista (UDN), se unieron José Napoleón Duarte, líder del Partido Demócrata Cristiano (PDC), en la alianza conocida como Unión Nacional Opositora (UNO).^[107]​ Muchos historiadores consideran que el movimiento reformista de Duarte ganó las elecciones, pero los militares proclamaron el triunfo del coronel Arturo Armando Molina, del Partido Conciliación Nacional (PCN).^[108]​^[109]​ Las protestas subsecuentes y un intento de golpe de Estado fueron aplastados y Duarte obligado a exiliarse en Venezuela.

La UNO se mantuvo unida y procedió a participar en las próximas elecciones de 1977. Esta vez llevó al Coronel Ernesto Claramount como candidato presidencial. Muchos historiadores consideran que nuevamente, la UNO ganó las elecciones, pero los militares volvieron a colocar al candidato pecenista, esta vez, el general Carlos Humberto Romero.^[110]​ Cuando los acontecimientos electorales terminaron con la esperanza de la reforma por medios democráticos, la situación persuadió a algunos grupos opuestos al gobierno para armarse.^[111]​

En esta época, surgieron más grupos armados como el ERP, y la Resistencia Nacional (FARN). Estas organizaciones a su vez crearon organizaciones populares (BPR, FAPU, LP-28, MERS, UR-19, FUR-30, ARDES, MLP, entre otros) con participación activa en organizaciones de la sociedad civil como sindicatos, asociaciones profesionales, grupos campesinos, congregaciones religiosas y centros educativos de nivel medio y superior.^[112]​

La crisis política durante el período del general Romero se incrementó. Los grupos armados de izquierda realizaron actos de violencia en contra de funcionarios del gobierno y civiles terratenientes, mientras la Fuerza Armada y los cuerpos de seguridad, recrudecieron la represión, la cual fue desencadenada mediante la organización de grupos paramilitares (Escuadrones de la Muerte) con conexiones directas con los militares como la Unión Guerrera Blanca (UGB), el Ejército Secreto Anticomunista (ESA), las Fuerzas Armadas de Liberación Anticomunista – Guerra de Eliminación – (FALANGE), y la Organización para la Liberación del Comunismo (OLC).

El 15 de octubre de 1979, un grupo de militares liderados por el coronel Adolfo Arnoldo Majano expulsó al general Carlos Humberto Romero y formó una Junta Revolucionaria de Gobierno tras anunciar la Proclama de la Fuerza Armada. La Junta cayó tres meses después que el coronel Jaime Abdul Gutiérrez Avendaño y el coronel Guillermo García, Ministro de Defensa, controlarán la transición política.

El año 1980 fue muy determinante para el inicio de la guerra civil en El Salvador, dada la serie de eventos represivos por parte del Estado y organizaciones paramilitares, replicados por acciones violentas de las organizaciones guerrilleras.

En febrero, el mayor Roberto d'Aubuisson, exjefe de la sección política del Departamento de Inteligencia (G-2) de la Guardia Nacional y director de la ANSESAL, una agencia de inteligencia del Ejército, apareció en la televisión vinculando a un grupo de demócratacristianos con las organizaciones revolucionarias. Como resultado de esta acción, según fuentes del PDC, fue asesinado el procurador general de la República, Mario Zamora Rivas. En marzo el Partido Comunista Salvadoreño funda las Fuerzas Armadas de Liberación, FAL. Se recomponen dos juntas más y a la tercera se integra Napoleón Duarte en marzo de 1980. Inmediatamente, Duarte puso en práctica un programa de gobierno diseñado por asesores de Estados Unidos con las siguientes reformas políticas: se implementó una reforma agraria, la nacionalización de la banca, del comercio exterior, y del procesamiento del café y el azúcar. Asimismo, Duarte decretó el estado de sitio y la suspensión de las garantías constitucionales, que sería prorrogada sucesivamente hasta la firma de los acuerdos de paz.

El 24 de marzo fue asesinado el arzobispo de San Salvador, monseñor Óscar Arnulfo Romero,^[113]​ después de haberle exigido a Estados Unidos retirar su apoyo militar al régimen salvadoreño y ordenar a la misma Junta el cese de la represión. El mayor Roberto D’Aubuisson fue posteriormente imputado como organizador del crimen, pese a que nunca se le llevó a juicio.^[114]​

Las fuerzas de las FPL, el Partido Comunista Salvadoreño y la FARN se unificaron en la Dirección Revolucionaria Unificada, DRU, formada en mayo. Las corrientes de izquierda conformaron la Coordinadora Revolucionaria de Masas (CRM), para luego formar el 18 de abril un abanico todavía más amplio de fuerzas sociales y políticas bajo el nombre de Frente Democrático Revolucionario (FDR), cuyo director fue secuestrado y posteriormente asesinado en noviembre por un escuadrón de la muerte vinculado a la Policía de Hacienda.

En mayo, el mundo fue estremecido por la violenta masacre de más de 600 personas en el río Sumpul ubicado en la frontera con Honduras. Este crimen fue llevado a cabo por fuerzas militares combinadas de El Salvador y Honduras. En el mismo mes de mayo, las fuerzas guerrilleras fundaron la Dirección Revolucionaria Unificada – Político Militar (DRU-PM), y el 10 de octubre, las mismas se organizaron bajo el nombre de Frente “Farabundo Martí” para la Liberación Nacional (FMLN); posteriormente en diciembre se une el Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos (PRTC).

En el mes de diciembre, cuatro monjas estadounidenses fueron violadas y asesinadas por efectivos de la Guardia Nacional. Duarte es elegido presidente de la junta y el coronel Gutiérrez su vicepresidente. Al final de 1980, la iglesia contabilizó 28 miembros asesinados (incluyendo al Arzobispo) y 21 detenidos, además de acciones terroristas como 14 bombas, 41 ataques con ráfagas de ametralladora, 15 robos, y 33 tomas de iglesias.

El 10 de enero de 1981, el FMLN lanzó una ofensiva general y llamó a una insurrección a nivel nacional, la cual no tuvo éxito en la toma del poder, pero fue la acción de la guerra civil propiamente dicha. En mayo el mayor D’Aubuisson es capturado (y luego liberado) por intentar organizar un golpe de Estado contra Duarte.

En septiembre de 1981, la Comisión de Derechos Humanos de El Salvador (CDHES), informó que un total de 32,000 civiles fueron asesinados por fuerzas gubernamentales o por escuadrones de la muerte vinculados al Ejército, desde que la primera junta asumió el poder en el país. Ese mismo mes, D’Aubuisson anuncia la fundación del partido Alianza Republicana Nacionalista, ARENA, y posteriormente, su postulación como candidato presidencial.

Las Fuerzas Armadas salvadoreñas también se involucraron directamente en la represión indiscriminada, siendo el más notorio de estos incidentes la denominada Masacre de El Mozote entre el 10 y el 13 de diciembre de 1981.^[115]​ Durante una incursión del Batallón Atlácatl a esta localidad del departamento de Morazán fueron asesinados varios cientos de civiles, probablemente más de un millar, y muchos más huyeron a refugiarse a Honduras.^[116]​ Se calcula que la junta militar recibió 1000 millones de dólares de Estados Unidos en concepto de ayuda militar para combatir la insurgencia.

Por otro lado, debe tomarse en cuenta que la guerrilla iniciaría hostilidades tales como secuestro y asesinato de empresarios y alcaldes, destrucción de infraestructura pública, enfrentamientos armados y destrucción de objetivos militares, repartición de propaganda y extorsión a empresarios. Dichas acciones se darían repetidamente durante toda la guerra civil, dando paso a casos muy sonados tales como la masacre de la Zona Rosa y el secuestro y posterior asesinato en los Planes de Renderos, del empresario Roberto Poma. Dada la gravedad de la guerra civil, la guerrilla cometió diversos crímenes, que si bien no se equipararon en volumen con los cometidos por las Fuerzas Armadas, no pueden dejarse sin tomar en cuenta.^[117]​

El FDR se alió al FMLN, esta vez liderado por Guillermo Manuel Ungo, y plantearon el diálogo y la negociación para resolver el conflicto en forma pacífica. La alianza FMLN-FDR logró el reconocimiento como fuerza política representativa del país por parte de la comunidad internacional con la Declaración Franco-Mexicana en julio de 1981.

El 28 de marzo de 1982 fue elegida una nueva Asamblea Constituyente. Durante los 20 meses siguientes, la asamblea constituyente desarrolló intensos debates en el proceso de redacción de la nueva Constitución de la República, que fue finalmente promulgada el 15 de diciembre de 1983, entrando en vigencia cinco días después. Posteriormente, Álvaro Magaña fue nombrado presidente provisional por la asamblea constituyente. Duarte ganó las elecciones presidenciales en 1984 ante D'Aubuisson de ARENA. Según el PDC y Duarte, D'Aubuisson y su partido de ARENA tenían lazos directos con los escuadrones de la muerte, el embajador estadounidense, Robert White, había descrito como “un asesino patológico” al fundador de ARENA

En 1984, Duarte realizó dos reuniones históricas de diálogo y negociación con la alianza FMLN-FDR, una en el pueblo de La Palma, Departamento de Chalatenango, y la segunda en Ayagualo, Departamento de La Libertad. Pero ninguna de estas reuniones dio solución al conflicto armado. En mayo de 1987, la alianza FMLN-FDR presentó su propuesta de paz de 18 puntos.

En 1989, el voto popular otorgó a Alfredo Cristiani de ARENA la elección presidencial. En abril de 1989, el FMLN presentó en Washington su plataforma para negociar el fin de la guerra civil. El gobierno de Cristiani se reúne por primera vez con el FMLN en México en septiembre. El 11 de noviembre, siguiendo un plan estratégico que según algunos medios de prensa Fidel Castro conocía de antemano,^[118]​ el FMLN lanza su ofensiva militar llamada “Hasta el Tope”. La madrugada del día 16, una unidad del Ejército invade la Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas" y asesina a 6 sacerdotes jesuitas vinculados a la teología de la liberación: Ignacio Ellacuría, Ignacio Martín-Baró, Segundo Montes, Joaquín López y López, Amado López, Juan Ramón Moreno y a dos de sus colaboradoras Elba y Celina Ramos.^[119]​

La ofensiva montada por el FMLN dejó claro que no había posibilidades de una victoria militar de alguno de los bandos.^[120]​ Las negociaciones con ARENA continuaron con la firma del protocolo en Ginebra, Suiza, en abril de 1990, luego las delegaciones de ambas partes en conflicto suscriben en mayo el Acuerdo de Caracas con la mediación del representante personal del secretario general de la ONU, Álvaro de Soto.

En diciembre de 1990 el FMLN lanza lo que sería la última ofensiva militar de carácter nacional y en la que se derriban los primeros aviones con misiles tierra-aire. Al establecerse una especie de equilibrio de fuerza, el gobierno de ARENA accede a la firma del Acuerdo de Nueva York el 31 de diciembre, y el 16 de enero de 1992 las negociaciones terminaron con la firma de los Acuerdos de Paz en el Castillo de Chapultepec, en México, poniendo fin a 12 años de conflicto interno. Al final de la guerra civil se contabilizó la muerte de más de 75,000 civiles salvadoreños y de alrededor de 9,000 desaparecidos.

A consecuencia de la firma de los Acuerdos de Paz, la Asamblea Legislativa aprobó el 23 de enero de 1992 la “Ley de Reconciliación Nacional”, la cual “concede amnistía a favor de todas las personas que hayan participado como autores inmediatos, mediatos o cómplices en la comisión de delitos políticos comunes conexos con éstos y en delitos comunes cometidos por un número de personas que no baje de veinte, antes de el 1º de enero de 1992, exceptuándose, en todo caso, el delito común de secuestro” (art. 1);^[121]​ así como también excluye de sus beneficios a “las personas que, según el informe de la Comisión de la Verdad, hubieren participado en graves hechos de violencia ocurridos desde el 1º de enero de 1980, cuya huella sobre la sociedad, reclama con mayor urgencia el conocimiento público de la verdad, independientemente del sector a que pertenecieren en su caso” (art. 6).^[122]​

La Comisión de la Verdad para El Salvador de las Naciones Unidas, organizada bajo el mandato de los Acuerdos de Paz, elaboró su informe titulado “De la Locura a la Esperanza: La guerra de 12 años en El Salvador” entre 1992-93 en el que publicó los resultados de la investigación de los hechos ocurridos entre 1980 y julio de 1991.^[123]​

Como reacción adversa al informe de la Comisión de la Verdad, la Asamblea Legislativa, aprobó la “Ley de Amnistía General para la Consolidación de la Paz”, la cual “concede amnistía amplia, absoluta e incondicional a favor de todas las personas que en cualquier forma hayan participado en la comisión de delitos políticos, comunes conexos con éstos y en delitos comunes cometidos por un número de personas que no baje de veinte antes del primero de enero de mil novecientos noventa y dos, ya sea que contra dichas personas se hubiere dictado sentencia, se haya iniciado o no procedimiento por los mismos delitos, concediéndose esta gracia a todas las personas que hayan participado como autores inmediatos, mediatos o cómplices en los hechos delictivos antes referidos. La gracia de la amnistía se extiende a las personas a las que se refiere el artículo 6 de la Ley de Reconciliación Nacional” (art. 1); y al mismo tiempo establece la derogatoria de “todas las disposiciones que contraríen la presente ley, especialmente el Art. 6 y el último inciso del Art. 7, ambos de la Ley de Reconciliación Nacional, así como la interpretación auténtica de la primera de las disposiciones citadas” (art. 6).^[124]​

Por sentencia definitiva del 13 de julio de 2016, pronunciada en el proceso de inconstitucionalidad 44-2013/145-2013, la Sala de lo Constitucional de la Corte Suprema de Justicia declaró inconstitucional la “Ley de Amnistía General para la Consolidación de la Paz” y reconoció la reviviscencia de la “Ley de Reconciliación Nacional”.^[125]​^[126]​

Véase también: Víctimas de la guerra civil de El Salvador

En las elecciones a alcaldes, diputados y los comicios presidenciales de 1994 se destaca la participación del FMLN ahora como partido político; en los comicios a diputados el FMLN se representó con un 25 por ciento del total de los diputados; y en los comicios presidenciales se impuso el candidato presidencial de ARENA, Armando Calderón Sol. Durante su gobierno, Calderón Sol, aplicó un plan de privatizaciones de varias grandes empresas del Estado, y otras políticas de corte neoliberal. El FMLN salió fortalecido de los comicios legislativos y municipales de 1997, en los que ganó la alcaldía de San Salvador. Sin embargo, las divisiones internas en el proceso de elección del candidato presidencial dañaron la imagen del partido. En la elección presidencial del 7 de marzo de 1999, se produjo un nuevo triunfo electoral del partido ARENA con su candidato Francisco Flores.

En las elecciones presidenciales del 21 de marzo de 2004, nuevamente ARENA logró la victoria, esta vez con el candidato Elías Antonio Saca, afianzando un cuarto período consecutivo. En es misma elección, la economista Ana Vilma de Escobar se convierte en la primera mujer en ocupar el cargo de vicepresidenta de la República.

El resultado electoral también liquidó a todos los partidos menores (PCN, PDC, y CD), que no obtuvieron el 3 % requerido por la ley electoral para mantener su registro como partidos, de manera que, de no haber sido aprobadas unas disposiciones especiales de la Asamblea Legislativa, el sistema político sería actualmente bipartidista.

El fenómeno social que El Salvador empezó a afrontar en la posguerra es la existencia de las «maras» o pandillas, generado principalmente por la deportación de salvadoreños ilegales en Estados Unidos. El nivel de criminalidad ha llegado a retar al mismo sistema judicial y al mismo gobierno, y dos planes de seguridad nombrados Mano Dura y Super Mano Dura creados para luchar contra el crimen fallaron. Solo en los cuatro primeros meses del 2004, El Diario de Hoy reportó casi 10,000 salvadoreños deportados.^[127]​

En la actualidad, el mayor ingreso de divisas que El Salvador tiene, es el originado por el total de las remesas —que se calcula en mucho más de dos mil millones de dólares— enviadas por salvadoreños que viven en el exterior. El Diario de Hoy informó en noviembre del 2004 que ese fue el mes que registró la mayor cantidad de dinero ingresada al país: más de dos mil trescientos millones de dólares. Existen más de dos millones de salvadoreños viviendo en el exterior en países como Estados Unidos, Canadá, México, Guatemala, Costa Rica, Australia, Suecia y otros.^[128]​

Como suceso político relevante, el partido político FMLN alcanzó la victoria en las elecciones presidenciales del 15 de marzo de 2009 por medio de su candidato, el experiodista Mauricio Funes. Este constituye el primer triunfo de un partido de izquierda en la historia de este país; venció a su único rival, el exdirector de la PNC Rodrigo Ávila del partido ARENA.Mauricio Funes asumió el cargo de presidente de la República el 1 de junio de 2009 junto con Salvador Sánchez Cerén como vicepresidente de la República.

Posteriormente, en los comicios del 9 de marzo de 2014 es electo presidente de la República Salvador Sánchez Cerén, un excomandante de las Fuerzas Populares de Liberación Farabundo Martí (FPL), organización integrante de ahora partido político FMLN, junto con Óscar Ortiz como vicepresidente de la República.

En las elecciones presidenciales del 3 de febrero de 2019, tanto el partido de derecha, ARENA, como el partido de izquierda, FMLN, sufrieron el rechazo de la mayor parte de la población, rompiendo con el bipartidismo que gobernaron en los últimos treinta años y dieron entrada al poder a un nuevo partido, GANA en alianza también con el partido político Nuevas Ideas que ganarían en estas elecciones presidenciales con el candidato Nayib Bukele (exedil capitalino y exalcalde de Nuevo Cuscatlán, que fue de donde incursionó en la política nacional).

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General

• Herrera Mena, Sajid Alfredo (2013). El ejercicio de gobernar : Del cabildo borbónico al ayuntamiento liberal : El Salvador colonial, 1750-1821. Col·lecció Amèrica 30. Castelló de la Plana: Publicacions de la Universitat Jaume I. p. 250. ISBN 978-84-8021-987-7. OCLC 877110398. 

Secciones "Independencia y Federación (1821-1841)", "Pugnas entre liberales y conservadores (1841-1876)", "La República Cafetalera (1876-1931)":

• Jorge Lardé y Larín, El Salvador: descubrimiento, conquista y colonización, Dirección de Publicaciones e Impresos, El Salvador, 2000.
• Historia de El Salvador, Tomo I y II, Ministerio de Educación, El Salvador, 1994.
• Italo López Vallecillos, Gerardo Barrios y su tiempo, Tomo I, Dirección General de Publicaciones, Ministerio de Educación, San Salvador, El Salvador, 1967
• Magaña Granados, Álvaro (2000). El Salvador. La República I 1808-1923. Fomento cultural del Banco Agrícola. 

Secciones "El autoritarismo militar (1931-1979)", "La guerra civil (1980-1992)", y "Período de la posguerra: la integración de la izquierda a la democracia".

• Virginia Tilley, Seeing Indians: A Study of Race, Nation and Power in El Salvador, 2005.
• Enrique Baloyra, El Salvador in Transition, 1982.
• Bitter Grounds, Roots of Revolt in El Salvador, Liisa North, 1981.
• Equipo Nizkor, Report of the UN Truth Commission on El Salvador.
• Marta Harnecker, Con la mirada en alto, Historia de las Fuerzas Populares de Liberación Farabundo Martí, UCA Editores, San Salvador, El Salvador 1993.
• United States Institute of Peace, From Madness to Hope.
• El Diario de Hoy (febrero y noviembre de 2004).

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• Wikisource contiene obras originales de o sobre Historia de El Salvador.
• Historia de El Salvador
• Próceres de la Independencia de El Salvador
• Historia política de El Salvador
• World Statesmen: El Salvador (en inglés)
• Resumen del libro De la locura a la esperanza: la guerra de los 12 años en El Salvador