La Temporada 1999 de la Primera B, conocida como Copa Águila 1999 por motivos comerciales, fue la décima en la historia de la segunda división del fútbol profesional colombiano.
Los participantes de la Primera B jugaron entre abril y mediados de septiembre 20 fechas, primero se dividieron en 4 grupos de 4 donde jugaron 6 fechas, luego se dividieron en 2 grupos de 8 para jugar otras 14 fechas. Al término de esa fase los ocho primeros avanzaron a los cuadrangulares semifinales, compuestos por dos grupos de cuatro equipos cada uno, jugados entre septiembre y octubre. Los dos primeros de cada grupo avanzaron al cuadrangular final por el título del año y el ascenso a la Primera A para la temporada 2000.
Relevo anual de clubes
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Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; Dif=Diferencia de gol
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Clasificados a los cuadrangulares semifinales.
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Eliminados
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Zona de descenso a la Primera C.
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Cuadrangulares semifinales
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Avanzan al cuadrangular final.
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Avanzan al cuadrangular final.
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Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; DIF=Diferencia de gol
- Ruiz Bonilla, Guillermo (octubre de 2008). La gran historia del Fútbol Profesional Colombiano. Ediciones Dayscript. p. 367. ISBN 978-958-98713-0-0.