Plus tard, Bernhard Heine ouvre son propre département dans l'institut de son oncle. Lorsque ce dernier déménage aux Pays-Bas en 1829, Heine, avec son cousin Joseph Heine(de), prennent en charge l'institution.
En 1837, il épouse Anna Heine (1801-?), la fille de son oncle.
En 1830, après plusieurs années de recherches, Bernhard Heine présente un nouvel outil médical à ses collègues. Il nomme ce dernier « ostéotome », qui est une sorte de scie à os. Son invention obtient un certain succès à travers l'Europe.
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(de) Heinz Hansen : Die Orthopädenfamilie Heine - Leben und Wirken der einzelnen Familienmitglieder im Zeichen einer bedeutenden deutschen Familientradition des neunzehnten Jahrhunderts
(de) Hans Hekler : Bernhard Heine – von Königen geehrt und von Zar Nikolaus umworben dans D'Kräz (contributions à l'histoire de la ville et de Raumschaft Schramberg) cahier 10, Schramberg, 1990.
Andreas Mettenleiter: Bernhard Heine – ein Pionier der Orthopädie. In: Blick. 2000, Nr. 2, S. 135–136; auch in: Orthopädische Nachrichten. 11, 2000, S. 24.
P. Pierhuard, P. Lefebvre, P. Nosny, J.-L. Plessis: La scie ostéotomie à chaîne de Bernhard-Franz Heine (1800–1846). In: Histoire des sciences médicales. Band 17, 1983, S. 147–157.
Walter Rolf Leis: Bernhard Heine. Sein Leben und Wirken in Würzburg, seine Bedeutung für unsere Zeit und für uns. Medizinische Dissertation Würzburg 1972.
Pierre Huard u. a.: La scie ostéotomie à châine de Bernhard Franz Heine (1800–1846). In: Hist. des sciences méd. Band 17, 1983, S. 147–157.
Doris Schwarzmann-Schafhauser: Werner E. Gerabek, Bernhard D. Haage, Gundolf Keil, Wolfgang Wegner (Hrsg.): Enzyklopädie Medizingeschichte. De Gruyter, Berlin/New York 2005, (ISBN3-11-015714-4), S. 561.