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La rénovation du lycée Charlemagne effectuée par le conseil régional d’Île-de-France et la ville de Paris a été achevée en 1993.
Le porche d'entrée actuel a été créé à partir d'un plan du XVIIe siècle en démolissant un bâtiment qui empêchait l'accès du lycée par la rue Charlemagne, l'entrée se faisait alors par le 101 de la rue Saint-Antoine[1].
Le lycée va de pair avec le collège Charlemagne (ancien « petit lycée ») qui se trouve juste en face, dans la rue Charlemagne, et qui côtoie l'enceinte de Philippe Auguste dont seul le parement extérieur subsiste encore.
En 1580, le cardinal Charles de Bourbon achète à la duchesse de Montmorency l'hôtel de la Rochepot et Damville. Il le donne aux Jésuites, qui démolissent le corps de logis situé en bordure de la rue Saint-Antoine et le remplacent par une chapelle dédiée à Saint Louis, en 1582.
De 1762 à 1767, les bâtiments sont désertés à la suite de l'expulsion de la Société de Jésus sous le ministère du duc de Choiseul.
Le , les Génovéfains du Val-des-Écoliers achètent la Maison des jésuites pour 400 000 livres ; ces chanoines réguliers de la réforme de Sainte-Geneviève quittent leur prieuré de Sainte-Catherine de la Couture (qui tombe en ruines) et occupent les bâtiments des Jésuites, qu'ils nomment Prieuré Royal de Saint-Louis de la Couture (ou de la culture)[3].
À la Révolution française, la Constituante ayant supprimé les ordres monastiques, les bâtiments servent de dépôt. Le , (27 ventôse an III) un arrêté du Directoire met la bibliothèque de la Commune à la disposition de l'Institut national des sciences et des arts, qui en pille le fond (20 à 30 000 ouvrages).
La loi du 11 floréal an XI (1er mai 1802), débaptise l'école centrale de la rue Saint-Antoine, qui devient le lycée Charlemagne[5] en 1804.
Le décret impérial du 24 brumaire an XIII manifeste la volonté d'installer le lycée près de la place des Vosges, dans la maison des Minimes ; mais le décret du confirme son implantation et autorise l'agrandissement du lycée qui reçoit alors quatre cents pensionnaires (externes)[5].
En 1815, il est débaptisé, et devient le Collège royal de Charlemagne.
En 2019-2020, le lycée accueillait sept classes de seconde, sept classes de première, une classe de terminale L, une classe de terminale mixte ES-S, une classe de terminale ES entière et quatre classes terminales S. Le proviseur actuel est Olivier Sellier. Il accueillait également des classes préparatoires aux grandes écoles, à savoir deux classes de MPSI, une classe de PCSI, pour la première année, ainsi qu'une MP, une MP*, une PC, et une PC* pour la deuxième année.
En 2024, le lycée Charlemagne se positionne comme l'un des meilleurs établissements d'enseignement en France, se classant 1er à Paris et 2e au niveau national selon Le Parisien. Ce classement est basé sur plusieurs critères : le taux de réussite au baccalauréat, le taux de mentions au baccalauréat, le taux de passage de la 2de au baccalauréat, ainsi que la valeur ajoutée (calculée à partir de l'origine sociale des étudiants, de leur âge et de leurs résultats au diplôme national du brevet), reflétant l'efficacité de son enseignement et de son accompagnement dans l'amélioration des performances des étudiants par rapport aux attentes initiales[8].
Le Figaro classe le lycée Charlemagne 7e au niveau national et 6e à Paris, sur la base des taux de réussite et de mentions au baccalauréat en 2023, ainsi que de l'accompagnement des élèves de la 2de jusqu'à l'obtention du baccalauréat.
Ces classements s’appuient sur les données fournies par le ministère de l’Éducation nationale et de la Jeunesse, confirmant la qualité et l’efficacité de l’établissement.
Le classement national des classes préparatoires aux grandes écoles (CPGE) se fait en fonction du taux d'admission des élèves dans les grandes écoles.
En 2015, L'Étudiant donnait le classement suivant pour les concours de 2014 :
Source : Classement 2023 des prépas - L'Étudiant (Concours de 2022). * le taux d'admission dépend des grandes écoles retenues par l'étude. En filières scientifiques, c'est un panier de 11 à 17 écoles d'ingénieurs qui a été retenu par L'Étudiant selon la filière (MP, PC, PSI, PT ou BCPST).
Certains élèves politisés du lycée Charlemagne ont participé à des mouvements sociaux de tendance radicale de gauche d'ampleur nationale :
Le est créé un comité d'action qui organisera le mouvement contre la loi travail : le lycée est alors bloqué à six reprises jusqu'à la fin du printemps[13],[14],[15].
Le a lieu un blocage du lycée contre la sélection mise en place par le gouvernement Philippe à l'entrée de l'université.
Le , le lycée était bloqué pour protester contre la politique générale du gouvernement (disparition du statut de cheminot, politique migratoire, réforme de l'accès à l'université, etc.)[17].
Les 12, 13 et , a été mise en place une grève reconductible en réponse aux expulsions récentes de la ZAD de Notre-Dame-des-Landes et des violences policières dans les facultés occupées[18]. Le , à 17 h est organisé devant le lycée un banquet collaboratif pour susciter le débat.
Le , le lycée a été occupé par une cinquantaine de lycéens, contre Parcoursup et en réaction aux événements survenus au lycée Arago le , avant d'être évacué vers 21 h[19],[20]. Il n'y eut cependant ni arrestations ni violences.
Victor Chauvin, Histoire des lycées et collèges de Paris : suivie d'un appendice sur les principales institutions libres et d'une notice sur le concours général, Librairie de L. Hachette et Cie, Paris, 1866, p. 63-81, 185-193 (lire en ligne)
Jean Querzola, Le Quadraturiste : Giovanni Gherardini en Chine sous le règne de Kangxi, GH Research, Paris, 2023, 578 p. (ISBN978-2-9587154-0-3).