Après avoir abandonné son émission jeunesse Graffi'6, lancée en 1987, M6 revient dans la course après le dépôt de bilan de La Cinq. M6 Kid démarre sous l'impulsion de Xavier Couture, lui-même responsable des programmes jeunesse de La Cinq de 1991 à 1992, et les premiers dessins animés inédits de l'émission sont des coproductions initiées par La Cinq. Ainsi sont diffusés : Bucky O'Hare, La Petite Boutique, Barnyard Commandos, et Draculito, mon saigneur. Seul Bucky O'Hare avait été partiellement diffusé du temps de La Cinq. L'émission diffuse aussi des dessins-animés japonais ou américains issus du catalogue de Berlusconi, qui auraient été diffusés sur La Cinq si la chaîne avait survécu : Graine de Champion, Cascadogs, Prostars, ou Hammerman (ces 2 derniers étant coproduits par DiC, Reteitalia, et Telecinco).
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Au départ, en 1992, l'émission était diffusée les mercredi[2] et samedi matin[3], et en quotidienne durant les vacances scolaires, lors de la première année[4]. Quant à la marionnette Kidiniou, elle est abandonnée après une seule saison.
Puis, dès septembre 1993 l'émission du mercredi est diffusée l'après-midi[5], en concurrence frontale avec Le Club Dorothée. L'émission est entrecoupée de nombreuses rubriques.
En 2000, l'émission Kid et Compagnie prend la place en quotidienne de l'émission Les bédés de M6 Kid[6] qui diffusait des séries issues de bandes dessinées.
En 2000, l'émission était diffusée en quotidienne avec Kid et Compagnie, mais également à différents cases hebdomadaires (le mercredi matin, occupé par Disney Kid, le mercredi après-midi, le samedi matin vers 7 h et le dimanche vers 9h30). L'émission était remplie de rubriques. En 2004, M6 Kid récupère la case du mercredi matin. Cette même année, elle délaisse celle de l'après-midi. L'année suivante, la case du mercredi est reléguée vers 7 heures.
Durant les années 2000, l'émission participe à la popularisation des animes Yu-Gi-Oh! et Sakura.
La seconde moitié des années 2000 marque de profonds changements au sein de l'émission. D'abord, la mise en place d'un nouvel habillage en 2006, l'abandon progressif des rubriques (à l'exception de Kid et toi) et des animateurs en 2008. Une voix off prendra ensuite le relais. Cette même année, l'émission passe en quotidienne comme à des débuts, devenant un bloc de dessins animés.
Petit à petit, l'émission délaisse ses cases hebdomadaires. En mars 2011, la case du dimanche matin disparaît [7]. Celle du samedi n’apparaît plus en 2014. Puis à compter d'environ septembre 2023 M6 kid n'est diffusé plus que le week-end entre 6h et 7h45 puis durant l'été 2024 M6 kid est diffusé que le dimanche entre 6h et 6h45 puis depuis le 7 septembre M6 kid est diffusé le week-end
L'habillage de 2001 à 2005 suit une balle qui change de trajectoire comme au flipper. Ce générique a été adaptée dans toutes les déclinaisons, ainsi que dans Disney Kid. [1]
Le générique de 2006 suit un immeuble qui se constitue petit à petit avec des écrans montrant les séries diffusés dans l'émission. [2]
En 2011, M6 Kid adopte un nouvel habillage. La musique utilisée est la même que la précédente. [3]
Le 3 janvier 2022, M6 Kid adopte un nouvel habillage, plus coloré que celui de 2011. [4]
Kid et toi est un programme court diffusé dans M6 Kid depuis le le mercredi matin[14]. Chaque numéro aborde un sujet sous la forme d'une question et y répond sous la forme d'un reportage.
Depuis le , l'émission est traduite en langues des signes[15].
Les bédés de M6 Kid était une émission jeunesse diffusée du au . Elle était diffusée les lundis, mardis, jeudis et vendredis après-midi. Les programmes diffusés étaient des séries adaptées de bandes dessinées.
Kid Machine était une émission jeunesse diffusée en 2003 un après-midi sur deux le mercredi. Entre les dessins animés, des chanteurs venaient interpréter des morceaux de variétés[24].