Per questa stagione viene ingaggiato come allenatore Ottmar Hitzfeld, che va a sostituire in panchina Giovanni Trapattoni, mentre fa il suo ritorno in squadra Stefan Effenberg; sul fronte cessioni Ruggiero Rizzitelli torna a giocare in Italia, mentre Dietmar Hamann viene ceduto al Newcastle Utd. Il Bayern inizia vincendo la Coppa di Lega, mentre poco dopo sconfigge l'Obilić e si guadagna l'accesso al gruppo della Champions League. Qui viene perde la partita d'esordio contro il Brøndby, ma in seguito vince il girone totalizzando undici punti, frutto della doppia vittoria contro il Barcellona, della vittoria nel ritorno contro i danesi, e del doppio pareggio con il Manchester Utd, anch'esso qualificato. Intanto la squadra mantiene costantemente la testa della classifica in Bundesliga, venendo brevemente raggiunta dal Bayer Leverkusen alla diciassettesima giornata[1], mentre alla ripresa della Champions elimina i connazionali del Kaiserslautern con un 6-0 complessivo nei quarti. Sconfitta anche la Dynamo Kiev in semifinale, i bavaresi accedono alla loro sesta finale nella manifestazione, che si gioca il 26 maggio 1999 a Barcellona. Qui il Bayern ritrova il Manchester United, e dopo cinque minuti si porta sull'1-0 grazie al gol di Mario Basler. Questo risultato si mantiene immutato fino al novantesimo minuto, tuttavia i minuti di recupero sono fatali ai Rossi: gli inglesi segnano due gol nel recupero, e conquistano così la coppa. Intanto il Bayern ha vinto il quindicesimo titolo tedesco staccando il Leverkusen di quindici punti, ed è inoltre arrivato a disputare la finale della coppa di Germania; viene però qui sconfitto dal Werder Brema ai calci di rigore.